MHC alelik çeşitliliğin çok tercih edilen türü.
Bir alelin veya alelik soyunun yaşı türlerden daha büyüktür.Bu nedenle, ortak alelik soylar, ortak bir atadan mirastır ve türe özgü mutasyonel çeşitlenme, bu soy içinde meydana gelmiştir. Örneğin, hiçbir tek MHC sınıf I aleli, insanlar ve şempanzeler arasında paylaşılmaz, ancak soydaki birçok benzerlik, polimorfik motifler ve bireysel değişimler gözlenebilir.
Bunun bir sonucu, belli alellerin, aynı tür içerisinde aynı gen bölgesinin diğer alellerine göre, bağlı bulundukları alellere daha benzer hale gelecek olmalarıdır.Kökeni, türleşme olaylarının öncesine ait MHC alel ailelerinin uzun süreli devamlılıkları, ''geçiş türleri evrimi'' olarak adlandırılır.
