Hidrojen bağı, elektronlar için yüksek afiniteye sahip bir çift atom arasında bulunan bir hidrojen atomunu içeren etkileşim; böyle bir bağ, iyonik bir bağ veya kovalent bağdan zayıf ancak van der Waals kuvvetlerinden daha güçlüdür. Hidrojen bağları, farklı moleküllerin atomları arasında veya aynı molekülünün farklı bölgelerinde olabilir. Yapısındaki hidrojen bağları sebebiyle su, kendi büyüklüğündeki bir molekül için beklenenden çok daha geniş sıvı faz yelpazesine sahiptir. Doğrusal protein molekülündeki amino asitler arasındaki hidrojen bağları, proteninin işlevsel konfigürasyonuna katlanma şeklini belirler. DNA'nın iki ipliği üzerindeki nükleotidlerdeki azotlu bazlar (sitozinli guanin çiftleri, timinli adenin) arasındaki hidrojen bağları, genetik bilginin aktarımı için çok önemli olan çift sarmal yapısına neden olur.
