Yugoslavya Krallığı'na bağlı Bosanski Samast kasabasında doğdu. Çocukluk yıllarında ailesi Saraybosna'ya taşındı. Ortaokul ve lise yıllarında derslerden daha çok kitap okumaya önem verdi ve özellikle felsefe ile ilgilendi. Lise yıllarında bir yandan da Genç Müslümanlar Teşkilatı'na üye oldu ve burada temel İslamî kaynakları ve İslam düşüncesi üzerine eserler okudu. II. Dünya Savaşı sonrasında, 1946 yılında Yugoslavya'da kurulan komünist rejime muhalif olduğu için Genç Müslümanlar Teşkilatı'nın diğer üyeleriyle birlikte tutuklandı ve üç yıl hapishanede kaldı. Hapishaneden çıkınca Ziraat Fakültesi'nde üç yıl okudu, ardından Hukuk Fakültesi'ne kaydoldu ve 1956 yılında bu fakülteden mezun oldu.
Aliya İzzetbegoviç, 1960'lı yıllardan itibaren hem Bosnalı müslüman entelektüeller ve gençlerle hem de Yugoslavya'ya üniversite okumak için yabancı ülkelerden gelen müslüman öğrencilerle diyalog kurdu. Bu dönemde çağdaş İslam düşüncesine katkıda bulunan eserlerin Boşnakça'ya tercüme edilmesi ve müslüman toplumların meselelerine odaklanan Takvim dergisinin çıkarılması için yoğun çaba harcadı. 1970 yılında İslam Deklarasyonu adındaki kısa, ancak müslüman toplumların XX. asırdaki durumlarını eleştirel bir şekilde analiz eden çalışmasını yayımladı. 1983'te bu kitabı dolayısıyla Yugoslavya'yı bölme ithamı ile "Saraybosna Davası" olarak tarihe geçen davada yargılandı ve on dört yıl hapse mahkûm edildi. Yaklaşık beş buçuk yıl hapishanede kaldıktan sonra 1988 yılında tahliye edildi. "Soğuk savaş"ın bitme sürecinde 1990 yılında arkadaşlarıyla Demokratik Eylem Partisi'ni kurdu. Parti, 1990 yılının Kasım ayında yapılan seçimlerden birinci olarak çıktı. Meclisteki mutabakat sonucunda Aliya İzzetbegoviç, henüz federatif devlet statüsünde Yugoslavya'ya bağlı bulunan Bosna-Hersek Cumhuriyeti'nin ilk cumhurbaşkanı seçildi.
Uluslararası kamuoyunda daha çok tanınması, Bosna-Hersek'in Yugoslavya'dan bağımsızlığını ilan etmesi sonucunda başlayan Bosna savaşı sırasında olmuştur. Hazırlıkları çok daha öncesinde başlamasına rağmen Bosna savaşı, 1992 yılının başında Bosna-Hersek'in Yugoslavya'dan bağımsız olmasını onaylayan referandum kararı ile başlamış ve 1995 yılının ikinci yarısında ateşkes ilan edilmiştir. O savaş sırasında hem bir cumhurbaşkanı hem de müslüman bir düşünür olarak ilkeli bir duruş sergilemeye gayret etmiş, bütün dünyada büyük bir saygı kazanmıştır. 2000 yılına kadar cumhurbaşkanlığı görevini sürdüren Aliya İzzetbegoviç, 2003'te vefat etmiştir. İslam Deklarasyonu, Doğu Batı Arasında İslam, İslami Yeniden Doğuşun Sorunları, Özgürlüğe Kaçışım: Hapishaneden Notlar ve otobiyografi tarzında kaleme aldığı Tarihe Tanıklığım adlarındaki çalışmaları temel eserleridir.
Bir düşünür olarak Aliya İzzetbegoviç, özellikle insan ve ahlak felsefesi ile ilgilenmiştir. Doğu Batı Arasında İslam başlıklı kitabı, "İnsan nedir?" sorusuna İslamî bir anlayışa bağlı olarak ve Batı düşünce tarihindeki tartışmalar üzerinden cevaplar bulmaya çalışan bir eserdir. Onun temel kabullerinin başında insanın ikili yapıya sahip bir canlı olduğu gelir. Ona göre insan, maddi ve manevi yönleri olan bir canlıdır. Her iki yönüyle de ihtiyaçları bulunan insan, kendi maddi varlığını devam ettirebilmek için doğa ile teknik üzerinden ilişki kurmak zorundadır. Diğer yandan ise kendini sorgulayan, dünyadaki varoluşunu ve ölümü anlamaya çalışan bir canlıdır. Bu iki yönlülük, Aliya İzzetbegoviç düşüncesinde medeniyet ve kültür kavramlarının farklılaşmasının kaynağıdır. Bir taş, mesela bedeni korumak amacıyla kullanıldığında teknik bir alettir. Ancak ona kutsiyet atfedildiğinde ve böylece bir isim verildiğinde kült haline gelir. Alet, insanın maddi yönüyle ilgilidir ve doğal sınırlar dahilinde bir ilişkiden kaynağını alır. Kült ise insanın manevi yönüyle ilgilidir ve görünen ve üzerine akıl yürütülebilen doğal sınırların ötesinde metafiziğe bağlıdır. Bu ayırım Aliya İzzetbegoviç'in insan hakikatini anladığı ve açıkladığı temel paradigmaya işaret eder. Klasik inanç ve ahlak öğretilerindeki beden ve ruh ayırımı da bu paradigma içinde anlaşılabilir. Ona göre insanın beden ve ruh yönleri ile varoluşunun ideal hali, her iki yönün denge halidir.
Aliya İzzetbegoviç'in insan felsefesini iki yönlü bir paradigma üzerine inşa etmesi, eğitim konusunda da pek çok fikir geliştirmesine sebep olmuştur. Eserleri insan, ahlak ve özgürlük meselelerine odaklandığı için eğitim başlı başına tartıştığı konular arasında yer alır. Ayrıca başka bağlamlarda sıkça temas ettiği bir konudur. Bu çerçevede eğitimle ilgili görüşlerini iki ana grupta toplamak mümkündür. Birinci grupta genel insan felsefesi açısından eğitimin ne olduğu ve modern eğitime bakışı yer alır. Buradaki görüşleri onun genel düşünce sistematiğini yansıtır. İkinci grupta ise müslüman bir düşünür olarak müslüman toplumların yaşadıkları meseleler açısından eğitim konusundaki görüşleri yer alır.
İnsanın doğa ile kurduğu ilişkiden doğan teknik de kendi ruhuna yönelerek doğal sınırların ötesine geçme arayışı da insanın eğitilebilir bir canlı olmasıyla yakından ilişkilidir. Buna göre, teknik bir beceri insana eğitim yoluyla aktarılır. Diğer yandan bir dinî ya da ahlakî öğretinin insan ile Tanrı, diğer insanlar ve genelde dünya arasındaki ilişkiyi kurması da eğitimle ilgilidir. Ancak bunlardan birincisinde insanın bedeninin ya da maddi yönünün geliştirilmesi ve dışarıdan gelen etkiler esasken, ikincisinde insanın kendi ruhuna ve iç dünyasına dönüşü hedeflenir. İnsan, yapısı itibariyle eğitilebilir ve hatta kendi hakikatinin farkına varmak (tefekkür) yoluyla kendini eğitebilir bir canlıdır.
Aliya İzzetbegoviç'e göre, medeniyet öğretir, kültür aydınlatır; ilki öğrenmeyi diğeri tefekkürü talep eder. Medeniyet birikimi, bilim ve tekniğe bağlı olarak gerçekleştiği ve ilerlediği için bilginin aktarımına dayanır. Modern dönemde bilim ve teknik çok daha gelişmiş ve eğitim kitleselleşmiştir. Modern eğitim, insanları daha özgür, iyi ya da insancıl yapmaz. Onun amacı, eğitim yoluyla insanı daha maharetli, daha verimli ve topluma daha faydalı hale getirmektir. Başka bir deyişle kitle eğitiminin temelinde kendisinden faydalanılan bir insanın yetiştirilmesini esas alan işlevsel bir bakış vardır. Beklenen fayda, bireyin yöneticilerin ideolojilerine uyumlu olmaları ve becerilerine göre topluma katkı sağlamaları üzerinden elde edilir. Bu sebeple Aliya İzzetbegoviç, modern eğitimin son derece zihinsel, bilimsel olup pek az insancıl ve hümanist olduğunu iddia etmiştir. Kitle eğitiminin temeli aktarımdır. Halbuki daha insancıl ve bilgelik yolunda bir eğitim, bireye sadece müfredatlar ve ders kitapları yoluyla dışarıdan aktarımla gerçekleşemez. İnsanın dünyadaki varoluşunu anlamlandırma çabasına bilimsel bilgi sınırlı cevaplar verebilir. Bilgelik ve hikmetle ilgili bir arayış, meditasyonu yani insanın ruhuna yönelmesini gerektiren bir tefekkürü gerektirir. Doğa bilimleri ve sosyal bilimler ile din, sanat, edebiyat ve felsefe medeniyet ve kültür ayırımında karşıt konumlardadır. Ona göre modern eğitim sistemi, bilim ve tekniğe ağırlık vermiş ve onun manevi yönünü eksik bırakmıştır.
Okullaşma, kitle eğitiminin en önemli kurumlaşma aracı olarak bütün dünyada yayılmıştır. Aliya İzzetbegoviç, eğitimin yaygınlaşması ve eğitimde uzmanlaşmanın artmasını hem siyasî hem de iktisadî bir mesele olarak görür. Yaygınlaşma siyasî yönetim mekanizmalarının toplum üzerindeki kontrolünü arttırır. Uzmanlaşma ise daha fazla ekonomik fayda sağlayacak sektörlere eğitilmiş uzmanların yetiştirilmesi şeklinde devam eder. Modern eğitimin sürekliliğini sağlayan bu iki süreç, sanayi toplumunun temel varoluş dinamiklerindendir. Bu eğitim sürecinde insanın içinde bulunduğu sistemi sorgulaması, kendisine sunulanlara alternatifler geliştirmesi istenmediği gibi ayrıca tehlikeli de görülür. Modern kitle eğitiminde insanın manevi özgürlüğünün ihmal edildiğini düşünen İzzetbegoviç'e göre hazır ahlakî ve siyasî çözümler servis ve empoze eden okul, kültür bakımından bir barbarlık kurumudur: "Böyle bir okul, özgür bireyler değil, köleler yaratır ve bu haliyle medeniyete katkı sağlasa da kültürü geriletir."
Aliya İzzetbegoviç, müslüman toplumların geri kalmışlıklarından kaynaklanan meseleler üzerine önemli tespitlerde bulunmuş bir düşünürdür. Müslümanların bütün dünyada yaşanan insanî krizlere karşılık insanlık lehine tarihte yeniden aktör olmaları çağrısında bulunmuştur. Buna bağlı olarak yeni bir İslam medeniyeti için hem fikrî hem de siyasî alanda mücadele etmiştir. Ona göre eğitim, bu konuda son derece hassas ve merkezî bir yerdedir. İslam Deklarasyonu adlı çalışmasının hedefi "müslümanların İslamlaşması"dır. Ona göre müslümanların İslamlaşması için müslümanlar ile İslam arasında zamanla oluşmuş mesafenin yeniden kapatılması öncelikli bir meseledir. Bu mesafenin kapatılması için dünyaya daha insanî ve ahlakî alternatiflerin sunulması gerekir. İnsanı, sadece belli bir ideolojik ve iktisadî sistemin ürünü haline getiren bir eğitim anlayışına karşı insan ile Allah arasındaki kulluk sözleşmesinin farkında, doğayı tamamen tahakküm altına almak yerine ondan faydalanan ve başkalarının da faydalanmasını sağlayan bir eğitim öğretim modeline vurgu yapmıştır.
İzzetbegoviç, İslam tarihinde müslümanların hem kendi yükselişlerini sağladıkları hem de başka dinlerden gayrimüslimlerle bir arada barış içinde yaşadıkları dönemlerde eğitime ve bilime toplum ve yöneticiler tarafından büyük önem verildiğine dikkat çekmiştir. O dönemde müslüman âlimler, bilimsel çalışmalarında sadece maddi gerçekliği dikkate alarak hareket etmemişlerdir. İslam, Hıristiyanlık gibi tamamen dünyayı reddeden bir din olmadığı için dünyevi olan şeyleri açıklamaya yönelen bilimi reddetmemiş, bilim adamları ile çatışmamıştır. Ancak Batı düşünce tarihindeki kilise-bilim çatışmasında olduğu gibi metafiziği ve maneviyatı reddederek mutlak dünyeviliğe de savrulmamıştır. Ancak zaman içinde müslümanlar bu hamleyi kaybetmişlerdir.
"Müslüman mı Yoksa Tebaa mı Yetiştiriyoruz?" başlıklı makalesinde geleneksel kültüre ve dinî otoritelere tamamen uyumlu ve onları eleştirmeden kabul eden insan yetiştirme anlayışına karşı çıkan İzzetbegoviç'in en çok eleştirdiği tavırlardan biri teslimiyetçiliktir. Bütünüyle geleneğe gelenek olduğu için karşı çıkmak da bir başka meseledir. Hapishanede günlüğüne düştüğü bir not şu şekildedir: "Müslüman Doğu'daki bütün okullarda eleştirel düşünme dersini mecbur kılardım. Batı'nın aksine, Doğu bu acımasız mektepten geçmemiştir ve birçok zaafın kaynağı budur." Eleştirel düşünme becerisi, yıkıcı ya da devrimci bir anlayışa değil, insan hakikatinin çok yönlülüğüne bağlı işlemelidir.
Aliya İzzetbegoviç'e göre müslüman toplumlar, zihniyet ve pratikler anlamında bölünmüş zıt toplumsal tabakalara sahiptir. Bir tarafta Batı medeniyetini üstün gören ve aşağılık kompleksi içinde kendi geleneklerinden kopan Batıcı-modernistlerle yeni olan her şeye geleneksel tepkiler göstererek sadece geçmişten gelen pratikleri tekrarlayan muhafazakâr-tutucular hemen her müslüman toplumda birbirleriyle anlaşamayan iki grubu temsil ederler. Birinci grup kendi ülkelerinde pozitivist bir anlayışla eğitim veren okullardan ya da Avrupa ve Amerika'da eğitim alanlardan oluşurken ikinci grup geleneksel eğitim almıştır. İzzetbegoviç, eğitim konusunda bir üçüncü yol bulunması taraftarıdır. Onun üçüncü yol anlayışı, sadece maddi ya da manevi yönelimli bir eğitim vermek yerine her iki yönü esas alan bir eğitim modeli olmalıdır. Bu bir denge halidir ve bu dengenin maddi/dünyevi ya da manevi/uhrevî tek bir esas üzerine inşa edilmesi insan hakikatinin bütününe değil, bir yönüne hitap edecektir.
Aliya İzzetbegoviç'in genel eğitim anlayışı ve eğitim konusunda müslüman toplumlara dair tespitleri, temel insan paradigmasına bağlı ve kendi düşünce sistematiğinde tutarlıdır. Onun düşüncesinde eğitimin amacı, insanın ahlakî bir özne olarak özgür olması hakikati ile çelişmemelidir. İnsan özgürlüğü, siyasî ideolojilerin, ekonomik sistemlerin ya da geleneksel yapıların sürekliliğini sağlamak adına feda edildiğinde eğitim, sadece bir öğretim ya da aktarım sınırlarında kalır. Onun müslüman toplumlarda eğitim sisteminin insan hakikatine uygun bir alternatif üretmesi gerektiği ile ilgili inancı, dolaylı olarak modern kitle eğitimine de bir alternatif olma iddiasına sahiptir. İnsan fıtratının denge halini yakalayan bir eğitim, din ile bilimin varlığını daha bütüncül bir şekilde kabul etmesiyle mümkündür. Ona göre var olan ikilem aşılmadığı müddetçe insanî yabancılaşma devam edecek ve daha eğitimli olmak, daha iyi ve özgür insan olmak anlamına gelmeyecektir.