Adı Muhammed, lakabı Şemseddin'dir. Akşemseddin olarak meşhur olmuştur. Bir diğer lakabı da Akşeyh'tir. Şam'da doğdu. Nesebi Hz. Ebû Bekir'e kadar uzanır. Akşemseddin yedi yaşında iken aile, Şam'dan Anadolu'ya gelerek Amasya yakınlarındaki Kavak'a yerleşti. Burada Kur'an-ı Kerim'i hıfzetti ve dinî ilimler alanında tahsil gördü. Sonra günümüzde Çorum ilinin bir ilçesi olan Osmancık'taki medreseye müderris tayin edildi. Ancak çok geçmeden tasavvuf yoluna girerek müderrislikten ayrıldı ve Ankara'da Hacı Bayram Velî'ye mürit oldu. Mücahede sürecinden geçti ve kısa bir süre sonra hilafete layık görüldü. Beypazarı'nda bir dergâh ve değirmen inşa ederek yöre ahalisini irşat etmeye başladı. Halkın kendisine olan yoğun teveccühünden dolayı "Kesrete düştük" diyerek bir müddet sonra buradan ayrıldı ve İskilip kazasının Kösedağı eteklerinde bulunan Evlek (günümüzde Evlik) köyüne yerleşip orada da bir dergâh ile değirmen inşa etti. Bir müddet sonra buradan da ayrılarak Göynük'e çekildi. Hacı Bayrâm Velî'nin 1430 yılında vefat etmesiyle onun teçhiz, tekfin ve defin işlerini yaptı ve halefi olarak tarikatı temsil etmeye başladı.
Sultan II. Murad'ın Hacı Bayram Velî ile görüşmelerinde şeyhinin yanında bulundu. Padişah II. Mehmed ile birincisi şehzadeliği döneminde, ikincisi ise tahta çıktıktan sonra iki defa Edirne'de görüştü.
II. Mehmed, İstanbul'un alınmasıyla Anadolu ve Rumeli'nin birleşip sağlam bir devlet olarak kurulacağını düşünüyordu. Bu yüzden Akşemseddin, onu bütün görüşmelerinde cesaretlendirdi. Genç padişahı bu fetih teşebbüsünden alıkoymaya çalışan bazı ümera ve ulemanın karşısında yer alarak şehrin II. Mehmed tarafından fethedileceğini ifade etti. 1453 yılının bahar aylarında İstanbul üzerine yapılan sefere bir grup müridiyle birlikte bizzat katıldı. Akşemseddin'in, kuşatmanın bu en sıkıntılı anlarında, 21 Nisan tarihinde padişaha hitaben kaleme aldığı mektup, fetih için bir dönüm noktası oldu. İstanbul'un fethinin neredeyse elde bulunan tek vesikası niteliğinde olan ve orijinali Topkapı Sarayı Müzesi Arşivi'nde halen muhafaza edilen bu mektup, içeriği ve tesiri bakımından, Akşemseddin'in "fethin manevi mimarı" payesini almasına sebep olduğu gibi genç hükümdarla şeyh-mürit veya hoca-talebe ilişkisi şeklinde anlaşılabilecek yakınlıklarının derecesine ışık tutması bakımından da önemli bir metindir.
29 Mayıs 1453 tarihinde gerçekleşen fetihten sonra Ayasofya'da kılınan cuma namazında hutbe okudu. İstanbul kuşatmasında hastalanarak vefat eden Ebû Eyyûb Ensârî'nin (ö. 669) kabir yerinin tespitini gerçekleştirdi. Fetihten sonra kiliseden çevrilip Fatih medreseleri yapılıncaya kadar eğitim öğretim faaliyetleri için kullanılan günümüzdeki Zeyrek Camii'nde ders verdi ve İstanbul'da kaldığı süre zarfında Edirnekapı civarında sur içerisinde bir mekânda ikamet etti.
Akşemseddin fethin akabinde kendisinin de mensubu bulunduğu Sala aşireti fertlerinin bir kısmını Üsküdar'daki sonradan Salacak ismini alacak semte iskân ettirerek burada ilk Türk mahallesinin tesisini sağladı. Tarihî kayıtlara "Üsküdar Salacak İskelesi'nde Akşemseddin Zaviyesi" şeklinde anılan yapı kendisinin irşat faaliyetlerinde bulunduğu bir mekân oldu.
Fâtih Sultan Mehmed'in, İstanbul'da adına bir külliye inşa etme teklifini kabul etmeyen Akşemseddin, Göynük'e dönmeyi tercih etti. Fetihten sonra tahtını terkedip derviş hayatı sürmek isteyen Fâtih'in bu isteğini kabul etmeyip, herkesin kendi görevini yapmasını istemiştir.
Son yıllarını Göynük'te geçiren Akşemseddin, Şubat 1459 tarihinde vefat etti. Kabri üzerine beş yıl sonra bir türbe inşa edildi. Yedi oğlu ve beş kızı dünyaya gelmiş, bunlardan Fazlullah babasının postuna oturarak tarikatı devam ettirmiştir.
Kaynaklar Akşemseddin'in tahsil hayatı konusunda önemli bilgiler verir. İlk eğitimini Amasya'da başta babası olmak üzere yörenin hocalarından almıştır. Hangi hocalardan, hangi medresede, hangi dersleri okuduğu hakkında bilgi olmasa da bir medreseye müderris olabilmek için dönemin gerekli ilimlerini okuduğu ve bunlardan icazetname aldığı anlaşılmaktadır. Amasya o dönemde ilim adamı ve ilmî müesseseler açısından önemli bir merkezdir. Akşemseddin'in kitaplarında referans verdiği eserlere bakılırsa tefsir, hadis, fıkıh, tasavvuf ve edebiyata dair baş ucu sayılan önemli kaynaklara vâkıftır. Geleneksel dinî ilimlerin yanısıra tıbbî ilimlere de vâkıftı.
Osmanlı ilim ve kültür hayatında etkin olan Abdurrahman Bistâmî'den istifade etmiş olması da kuvvetle muhtemeldir. Aynı zamanda soyundan geldiği Sühreverdiye tarikatının pîri Ebû Hafs Ömer Sühreverdî'nin tarikatından da hilafete sahip olduğu için Bayramîlik ile Sühreverdîliği şahsında birleştirmiş bir sufidir. Akşemseddin'e Bayramiye içerisinde Şemsiye adlı bir kol nispet edilmiştir.
Akşemseddin'e göre insan Allah'ı tanımak için yaratılmıştır. Peygamberlerin vazifesi halkı Hakk'a ulaştırmaktır. Eğitimin karşılığı olarak "terbiye" eğitilecek kişi için ise "mürit" kavramını kullanır. Ona göre maksadı gerçekleştirme sürecine "seyrüsülûk", terbiyesini tamamlamış insana da "veli" denilir. İnsanın yalnız başına bu sonucu elde etmesi mümkün değildir. Bunun için bir eğitimciye ihtiyacı vardır ve bu da mürşittir. Eğitimciden kasıt evvelemirde Hz. Peygamber'dir. Hakk'a davet etme hususunda, Allah resulüne uymaktan daha mükemmel ve daha önemli bir yol yoktur. Mürşit olan kişi özelliklerini Hz. Peygamber'den veraset yoluyla almıştır. Bu yüzden mürşidin eğitimde merkezî bir rolü bulunmaktadır. Ancak derin tecrübeden geçmiş eğitimci, eğittiği şahsı gayesine ulaştırabilir.
Mürşit eğitim yöntemleri geliştiren ya da geliştirilmiş olan bu yöntemleri uygulayan kimsedir. Eğitim yolunun, adap ve erkâna yönelik yönetmelikleri sayılabilecek usuller vardır. Bunlar fiilî olarak uygulandığı gibi yazıya da geçirilmiştir. Zamanındaki adap ve erkâna dair kimi uygulamaların bazı insanların tenkidine maruz kalması karşısında bu adap ve erkânı savunmaya dönük risaleler kaleme almış; ferdin ve toplumun eğitimi açısından bunların önemini âyet ve hadislerden de referans göstererek anlatmıştır. Ona göre bu düzenlemelerin amacı insanın eğitilmesidir. Bunlar vasıtasıyla insanlar arasında düşünce, eylem, değer ve amaç birliği oluşur.
Akşemseddin bu değerleri sadece nakletmekle kalmamış, yerleştiği her beldeye bir dergâh, değirmen ve fırın inşa etmek suretiyle bunları yaşatmış, kazandırmak istediği davranışlara örneklik etmiştir. Akşemseddin aynı zamanda insanlara ve topluma rehber olacak nice şahsiyetler yetiştirmeye de önem vermiş, yetiştirdiği insanları farklı coğrafyalara göndermek suretiyle, onların da toplumun yetişmesine katkı sağlamasını istemiştir. Kendisinden sonra Anadolu'nun pek çok yerinde, anlayışının yaşatılması ve kendisini Akşemseddin'e nispet eden kimselerin yaygın olarak görülmesi bu husustaki gayretlerinin göstergeleridir.
Eğitim anlayışında nefsin riyâzet ve mücahede ile kontrol altına alınması esastır. Manevi gelişim ancak bu maddi çaba ile gerçekleşebilir. Eğitim sürecindeki kişi bir müddet halktan uzaklaşarak halvetlere (erbaîn) devam etmelidir. Ancak bu hal sürekli olmamalıdır. Eğitim sürecinin sonuna gelmiş mürşit uzlet hayatını tercih etmemeli, halkı terbiye ile meşgul olmalıdır. Örnek insan toplumun içinde olduğu halde erdemli davranışlar sergileyendir. Peygamberler de toplumdan kaçış yerine insanları toplumun içinde olmaya yöneltmişlerdir. İnsan eğitiminin bir parçası olarak gerek kendileri gerekse eğitimini üstlendikleri kimseler halkın arasına karışarak onlardan gelen sıkıntılara ve eziyetlere sabrederler. Böyle yaptıkça da Allah'a daha yakın olurlar.
Akşemseddin'e göre eğitim oldukça şümullü bir faaliyettir ve bütüncül bakışı gerektirir. Eğitim davranışları şekillendiren bir süreçtir. Bunun için kısa vadede iyi ve güzel davranışlar (amel-i sâlih) içerisinde olunmalıdır. Kişi ameli aracılığı ile yeni bilgiye (marifet) ulaşır. Toplumun gelişmesi bu bilgiye sahip insanların çoğalmasıyla orantılıdır.
Akşemseddin'in kaleme aldığı çok sayıda eser arasında Def'u Metâini's-Sûfiyye (Hall-i Müşkilât, Risâle fî Beyâni Ahvâli'l-Mutasavvifîn); Telhîsü Def'i Metâini's-Sûfiyye (Risâle fî Kavli'l-Müteşeyyihi't-Tâin İbn Fahreddin); Makamât-ı Evliyâ; Risâletü'n-Nûriyye (Risâle fî Müdâfaati Şeyhi'l-Ekber); Şerhu Akvâl-i Hacı Bayrâm-ı Velî; Risâle-i Zikrullah; Mâddetü'l-Hayât (Mâidetü'l-Hayât); Mücerrebât; Şiirler; Mektûbât; Vakfnâme vb. bulunmaktadır.
Akşemseddin'e nispet edilip kimi kaynaklarda Risâletü'd-Duâ ismiyle yer alan risale, Şeyh Muhammed b. Hüseyin tarafından 1446 yılında Medine'de Akşemseddin'e verilmiş olan bir Sühreverdî icazetnamesidir. Kendisine aidiyeti şüpheli olan ancak Akşemseddin'e nispet edilen risaleler ise şunlardır: Satır Arası Kur'an Tercümesi, Kimyâ-yı Saâdet Tercümesi, Risâle fî Istılâhâti's-Sûfiyye, Risâle fi't-Tasavvuf, Risâle fî Devrâni's-Sûfiyye ve Raksihim, Fâl-i Mushâf-ı Kerîm Mâddetü'l-Hayât (Mâidetü'l-Hayât).