Ankara'nın Kalecik ilçesinde dünyaya geldi. Adının başındaki "D" harfi, diğer isim benzerlerinden ayrılması için Nurettin Topçu tarafından verildi. Babası Sait Bey, annesi ise Safiye Hanım'dır. Kalecik'te Cumhuriyet İlkokulu'nda başladığı eğitim hayatına Ankara Ulus İlkokulu ve Cebeci Ortaokulu'nda devam etti. 1968 yılında Gazi Lisesi'ni bitirdi. Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi Basın ve Yayın Yüksekokulu Radyo Televizyon Bölümü'nden 1972 yılında mezun oldu.
1972-1974 yıllarında Türk Tarih Kurumu'nda çalıştı, 1975-1978 yılları arasında Dergâh Yayınevi'nde yayın yönetmeni olarak görev yaptı. 1977-1978'de TRT'de genel müdür danışmanı olarak çalıştı, 1978'de ise Türkiye Yazarlar Birliği'nin kuruluşuna öncülük etti. 1979'daki ilk genel kurulda başkanlığa seçilen Doğan, 1998'e kadar bu görevini sürdürdü.
Yazarlar Birliği bünyesinde Birlik Yayınları'nı kurdu, Kültür Bakanlığı'nda film yapımcısı ve senaryo yazarı olarak görev yaptı (1880). 1991'de Türkiye Yazarlar Birliği Vakfı'nı kurdu. Gazi Üniversitesi İletişim Fakültesi'nde yazarlık dersleri verdi (1991-1993). Türkiye Gönüllü Teşekküller Vakfı'nın kurucuları arasında yer aldı (1994). 1996'da Türkiye Büyük Millet Meclisi tarafından Radyo ve Televizyon Üst Kurulu (RTÜK) üyeliğine seçildi. Türkiye Yazarlar Birliği bünyesinde Mehmet Akif Ersoy Araştırmaları Merkezi'nin kuruluşuna öncülük etti (2006).
Yazın hayatına 1967'de şiirle başlayan Doğan; tarih, edebiyat ve dil konularında çok sayıda eser kaleme aldı. Bazı eserlerinde Ali Osman Eğilmez, Halil Kaleli müstearını kullandı. Özellikle ansiklopedi ve sözlük çalışmalarıyla öne çıktı. Türk Dili ve Edebiyatı Ansiklopedisi ve Türk Aile Ansiklopedisi çalışmalarında görev aldı.
İlk kitabı Batılılaşma İhaneti (1975) adlı eseri, resmî ideolojiye karşı bir eleştiri niteliğinde olup geniş bir yankı uyandırdı. Eserinde, modernleşmeye karşı Batılılaşma'nın Türkiye üzerindeki etkilerini sorgulamıştır. Tarih ve Toplum: Türkiye'de Toprak Meselesi adlı eseri, Osmanlı Devleti'nde toprak düzeni konusunu ele alarak, Türk tarihine dair değerlendirmeler sunmaktadır. Yazar bu eseriyle Türkiye Millî Kültür Vakfı teşvik ödülünü aldı (1978). Türkçe konusundaki hassasiyetiyle dikkat çeken Doğan, Büyük Türkçe Sözlük projesiyle Türk diline önemli katkılarda bulundu. Bu sözlük arka arkaya yapılan baskılarla güncellendi. Sözlüğün 25. baskısında, yaklaşık 110.000 sözcük, 500'den fazla şair, yazar, düşünce ve bilim insanından seçilmiş çok sayıda örnek yer almaktadır. Bu projeyle Türkiye Yazarlar Birliği Dil ödülünü (1982), eserin geliştirilmiş baskısıyla da Özbekistan Yazarlar Birliği'nin Uluslararası Kâşgarlı Mahmut mükâfatı gibi ödüller aldı (1995). Televizyonculuk alanında da aktif olarak yer aldı, birçok belgesel ve programın metinlerini yazdı.
Camideki Şair Mehmet Âkif (1989) isimli eserinde Mehmet Akif'i çeşitli yönleriyle ele aldı. Darbeler, Müdahaleler ve Siyasî Sistem (1990) adlı eserinde Türkiye'de yapılan darbeler ve bunların arka planlarını sorguladı. Kültürel Savaş ve Savaş Kültürü (1992) isimli eserinin "Ansiklopediler ve İslâm" bölümünde ise Türkiye'de hazırlanmış olan ansiklopedilerin İslam'a bakış açılarını değerlendirmekte ve ideolojik fikirleri yansıtan anlayışı eleştirmektedir. Doğan, Türk kültürünün sadece içinde yaşanılan coğrafyadan ibaret olmadığını Orta Asya'dan, Ortadoğu'dan, Balkanlar'dan süregelen yüzlerce yıllık bir birikimin sonucu olduğunu ifade etmekte ve bu sebeple bu bölgelerde yaşanan gelişmeleri de doğrudan etkilediğini belirtmektedir.
Daha önce muhtelif yerlerde yayımlanmış yazılarından oluşan İletişim veya Dehşet Çağı (1993) adlı eserinde günümüzdeki iletişim araçlarının kitle imha silahları gibi kullanılabildiğinden bahsetmekte ve Türk basınıyla ilgili tespitlere yer vermektedir. Türkistan-Türkiye Gergefinde İran (1996) adlı eserinde Türkiye ve İran ilişkilerine değinmekte, Bir Lügat Bulamadım (2001) adlı eserinde ise dil ve sözlük konularında çeşitli gazete ve dergilerde yayımladığı yazıları yer almaktadır.
Türkistan/Türkiye: Türk Kimliğinin Coğrafyaları (2010) adlı eseri Türkistan seyahati notlarından derlenmiştir. Mağlubiyet İdeolojisinin Sonu (2007) isimli eserinde ilk kitabı Batılılaşma İhaneti'nde yer verdiği konulara tekrar değinmiştir. Ömrüm Ankara: Bir Ankara Şehrengizi (2014) adlı eseri ise Ankara yazılarından oluşmaktadır. İki Yol Açıcı: Nureddin Topçu ve Necip Fazıl (2016) adlı eserinde bu yazarlarla ilgili daha önceki yazılarını bir araya getirmiştir. Orta Doğu'nun Türkçesi (2017) eserinde Türkler'in bölge ile olan tarihî ve kültürel izleri gibi konulara değinmektedir. Türkendülüsiye ise (1998) Türkiye'yi Endülüs'e dönüştürmek ve Anadolu topraklarından İslam'ın varlığının kazınmak istendiğini anlatan, buna dikkat çeken bir eserdir. Mağlubiyet İdeolojisinin Sonu ise yanlış Batılılaşma fikrini eleştirel şekilde ele almaktadır.
Son Darbe Ergenekon'da (2010) 28 Şubat, Ergenekon davaları gibi olaylara yer vermektedir. Klasik tarih anlayışından farklı bir tarih kitabı yazma amacıyla ele aldığı Türkiye Cumhuriyeti Tarihine Giriş (2013) adlı eseri dokuz bölümden oluşmaktadır. Yüzyılın Soykırımı (2013) adlı eserinde de dil konusunda yaşanılan değişmeyi ve yozlaşmayı soykırıma benzetmektedir. Neden Klasiklerimiz Yok? (2016) adlı eserinde bizim kendimize ait klasik eserlerimizin olmamasının sebepleri üzerinde durmaktadır. Söz Okyanusunda Yolculuk (2018) adlı eserinde de Türkçe'nin binlerce yıllık macerasını anlatmaktadır.
Doğan, kırk yılı aşan yazın hayatında pek çok esere imza atmış, Türkiye'nin sosyal ve siyasal sorunlarına yönelik önemli tespitlerde bulunmuş ve bu sorunlara çözüm önerileri sunmuş bir aydındır. Millî Eğitim Bakanlığı, Ankara Kalecik'te Fen Lisesi'ne, Erzurum Büyükşehir Belediyesi de Şehir Kütüphanesi'ne Mehmet Doğan'ın adını vermiştir.