Bandırma Edincik'te doğdu. Babası Hasan Tahsin Bey, annesi Hürmüz Hanım'dır. 1950 yılında ilkokulu bitirdi. 1960 yılında İstanbul İmam-Hatip Okulu'ndan, 1964'te İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'nden mezun oldu. Aynı yıl Sivas Atatürk Okulu'na öğretmen olarak atandı. İki yıl sonra meslek dersleri öğretmeni olarak geçtiği Sivas İmam-Hatip Okulu'nda müdür yardımcısı gibi idarî görevlerde bulundu. Başta Mahir İz (ö. 1974) olmak üzere Nihat Sami Banarlı (ö. 1974), Kemal Edip Kürkçüoğlu (ö. 1978), Ali Nihat Tarlan (ö.1978), Ahmet Davudoğlu (ö. 1983) gibi önemli ilim ve fikir insanlarının derslerini ve sohbetlerini takip etti.
27 Mart 1967 tarihinde İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü Tasavvuf Tarihi Bölümü'ne asistan oldu. 19 Ocak 1984'te doktorasını tamamladı. 11 Haziran 1984'te yardımcı doçent kadrosuna atandı. İstanbul'da vefat etti. İstanbul Sahrâyıcedit Mezarlığı'nda hocası Mahir İz'in yanına defnolundu. Vefatından sonra İstanbul'da Pendik Selçuk Eraydın İmam-Hatip Ortaokulu ve Kartal Selçuk Eraydın Anadolu İmam-Hatip Lisesi'ne adı verildi.
Mezar taşında vefatına Mustafa Tahralı tarafından şu dizelerle tarih düşürülmüştür: Feyz-i nakşî meşkedip Selçuk Cân / Hizmet-i pîrânı sertâc eyledi / Leyle-i mi'râcı yazmış ki kazâ / Sûre-i İsrâ-yı minhâc eyledi / "Hub" düşünce geldi târihi dile / "Mesnevî şevkiyle mi'râc eyledi."
Selçuk Eraydın Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Tasavvuf Anabilim Dalı'nda uzun yıllar hizmet etmiş, eğitim öğretim faaliyetlerinin yanı sıra eser telifi ile de alanına önemli katkılarda bulunmuştur. Arkadaşları ve talebeleri ile yayına hazırladığı Mevlevî ve Ekberî geleneğin muhallet eserleri tasavvuf alanında önemlidir. Tasavvufî şiir ile halk ve divan edebiyatına vukufiyeti yanında güçlü bir şiir hafızasına sahip idi. Nezaket ve zarafet sahibi, çelebi ruhlu, sufimeşrep sıfatları ona atfedilen mümeyyiz vasıflarıdır.
İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'nde öğretim üyeliği tezi olarak Üç Büyük Türk Tarîkatı: Yeseviyye, Mevleviyye, Nakşibendiyye ve XVII. Asır İslâm Türk Şairlerinin Yazma Divanlarındaki Tevhid ve Na'tlar ve Beyitlerde Geçen Tasavvufî Istılahlar adlı çalışmayı yaptı. XVII. Asır Divanlarındaki Tevhid ve Na'tlarda Tasavvufî Rumuzlar adlı teziyle 1984'te doktor unvanını aldı.
Mustafa Tahralı ile birlikte 1985-1992 yılları arasında Ahmet Avni Konuk'un Fusûsu'l-Hikem Tercüme ve Şerhi adlı eserini yayımladılar. 1987 yılında yine Mustafa Tahralı ile Ahmet Avni Konuk'un Mesnevi-yî Şerîf Şerhi'ni yayımlamak üzere çalışmaya başladılar. Ancak Mesnevi-yî Şerîf Şerhi'nin yayımlanmasına ömrü vefa etmedi. Bu muhallet eser 2004 yılında yayımlanmaya başlanmış, daha sonra Mustafa Tahralı ve alanın akademisyenleri ve talebelerinden oluşan bir heyet tarafından 2009'da (on üç cilt olarak) tamamlanmıştır. Ahmet Avni Konuk'un Fîhi Mâ Fîh tercümesi ve Abdülaziz Mecdi Tolun'un İnsân-ı Kâmil tercümesi de yayımladığı eserler arasındadır.
Selçuk Eraydın Türk Dili ve Edebiyatı Ansiklopedisi'nin ilk ciltlerinin tasavvuf ve edebiyatla alakalı maddelerinin telif ve tercüme heyetinde yer aldı. Telif ettiği ve yayına hazırladığı eserleri şu şekildedir: Telif Eserler: Tasavvuf ve Tarîkatlar (İstanbul 1994; Arnavutça çevirisi: Tesavvufi dhe Tarikatet, çev. M. İzeti, Üsküp 2001). İslâmî Türk Edebiyatında Şekil ve Nev'ilere Giriş (Necla Pekolcay, Mustafa Tahralı, Mustafa İsmet Uzun, M. Hüsrev Subaşı ile birlikte, İstanbul 1981). Tasavvuf ve Edebiyat Yazıları (İstanbul 1997); Orta Okullar İçin Din Bilgisi (M. Yaşar Kandemir ile birlikte, İstanbul 1968-1969); Liseler için Din Bilgisi (M. Yaşar Kandemir ve Selahaddin Parlatır ile birlikte, İstanbul 1980).
Yayıma Hazırladığı Eserler: Ahmet Avni Konuk, Fusûsu'l-Hikem Tercüme ve Şerhi, I-IV (Mustafa Tahralı ile birlikte, İstanbul 1987-1992); Mevlânâ Celâleddîn Rûmî, Fîhi Mâ Fîh (çev. A.A. Konuk, İstanbul 1994); Abdülkerîm Cîlî, İnsân-ı Kâmil ([çev. Abdülaziz Mecdi Tolun], Ekrem Demirli ve Abdullah Kartal ile birlikte, İstanbul 2002); Ahmet Avni Konuk, Mesnevî-i Şerîf Şerhi, I-XIII (Mustafa Tahralı, Osman Türer, Mehmet Demirci, Safi Arpaguş, Dilaver Gürer, Necdet Tosun ve Süleyman Gökbulut ile birlikte, İstanbul 2004-2009).
Ayrıca Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dergisi, İslâm Medeniyeti Dergisi, Diyanet Dergisi ile yayıma hazırladığı Fusûsu'l-Hikem Tercüme ve Şerhi ve Fîhi Mâ Fîh Tercümesi içinde eserler, müellifleri ve ilgili konularda kaleme aldığı akademik makaleleri mevcuttur. Selçuk Eraydın'ın bu çalışmalar dışında; bilimsel toplantılarda sunulan ve yayımlanan tebliğleri (sekiz), Türk Dili ve Edebiyatı Ansiklopedisi (yirmi üç), Türkiye Diyanet Vakfı İslâm Ansiklopedisi (üç) ve Sahâbeden Günümüze Allah Dostları (dört) olmak üzere ansiklopedi maddeleri mevcuttur.