İstanbul Beyazıt’ta Soğanağa mahallesinde doğdu. Hüseyin Vassâf doğum yılını 1240 (1824-25) olarak kaydeder. Asıl adı Süleyman Abdülhalim olup Tâhir Efendi’nin oğludur. Öğrenimi hakkında kaynaklarda yeterli bilgi yoktur. Üsküdar’da Tabaklar Rifâî Tekkesi şeyhi Mehmed Nûri Efendi’ye intisap etti. Şeyhinin vefatı üzerine halifesi olan, Fatih’te Odabaşı’ndaki Rifâî Tekkesi’nin bânisi Şeyh Abdullah Vehbi Efendi’den icâzet aldı. Erenköy’de Kozyatağı semtinde kendi maddî imkânlarıyla bir cami ve tekke inşa ettirdi. Hayatının sonuna kadar bu tekkede şeyhlik, camide imam ve hatiplik yaptı. Hüseyin Vassâf’ın ifadesine göre 8 Ramazan 1313 (22 Şubat 1896) tarihinde vefat etti ve dergâhın hazîresine defnedildi. Yerine küçük oğlu Şeyh Rızâ Efendi dergâhın meşihatına getirildi.

Dönemin tambur, ney ve sînekeman üstatlarından olan Halim Efendi’nin neydeki hocası Galata Mevlevîhânesi neyzenbaşılarından Deli İsmâil Dede Efendi’dir. Sînekemanî Agop’tan sînekeman, tamburî Nikolaki’den tambur dersleri alarak kendini yetiştirmiştir. Piyasa usulü tamburu Nikolaki’den, geleneksel tambur tavrını Kuyumcu Oskiyam’dan edinmiş ve ondan üç yıl kadar meşketmiş, bu tavrı daha sonra talebesi M. Suphi Ezgi’ye de öğretmiş, Batı notasını da son yıllarında bu talebesinden öğrenmiştir. Türk mûsikisindeki engin bilgisiyle tanınmış olup özellikle saz eserleri konusunda farklı bir yere sahiptir. Pek çok talebe yetiştiren Halim Efendi hâfızasındaki yüzlerce peşrev ve saz semâisinin doksan kadarını talebesi M. Suphi Ezgi’ye meşketmiş, Tamburacı Osman Pehlivan’ın ilk tambura hocası olmuştur. Ayrıca oğlu Rızâ Efendi’ye tambur ve ney, neyzenbaşı Cemal Dede’ye ney, Şeyh Hüseyin Fahreddin Dede’ye ney, tambur, Hamparsum notası, mûsiki nazariyatı ve saz eserleri, Hayrullah Tacettin’e dinî mûsiki, Zekâizâde Hâfız Ahmed’e mûsiki nazariyatı dersleri vermiştir. Yakınlarının ifadesine göre Kādiriyye tarikatına da bağlılığı vardı. Yazın Kozyatağı’nda tekkesinin yanındaki evinde, kışın İstanbul tarafında oturur, tekke yakınındaki 10 dönümlük bağda üzüm yetiştirerek geçimini sağlardı. Tekkesi dönemin devlet erkânının sıkça uğradığı, İstanbul’un en tanınmış tekkelerindendi. Halim Efendi özellikle misafirperverliği ve cömertliğiyle tanınırdı. Yazın cuma günleri çeşitli yerlerden gelen tarikat mensuplarına yemek ikram eder, uzaktan gelen ve maddî durumu elverişli olmayanların yol paralarını verirdi. Neyzen Aziz Dede’nin, “asrımızın en büyük ney üstadı” dediği Halim Efendi bestekârlıkla fazla meşgul olamamış, günümüze tek eseri olan ısfahan saz semâisi ulaşmıştır.