Kaynaklarda İshak b. Abdullah Yanyavî ve Yanyavî İshak olarak geçer. Doğum tarihi ve hayatı hakkında net bilgilere ulaşmak mümkün değildir. Aslen Yanyalı olup Mûsevî bir ailede dünyaya geldi. Daha sonra kardeşi Esad Efendi ile müslüman oldu. Çok iyi bildiği İbrânîce dışında Yunanca, Arapça ve Farsça gibi dillere de hâkim olduğu bilinmektedir.
İshak Efendi'nin dil yetenekleri sadece çok dilli bir bilim insanı olarak değil, aynı zamanda Arapça filoloji konusundaki ileri seviye bilgisini gösteren bir özelliktir. Mantık derslerinde okuttuğu eserlerde kullanılan terminoloji, onun Arapça'ya olan derin anlayışını yansıtmaktadır. Ayrıca Batı dillerine olan ilgisi de belirgin bir şekilde görünmektedir. İshak Efendi'nin çok dilli ve çok kültürlü bir geçmişi, onun bilim dünyasındaki etkisinin ve öğrencilerine sağladığı katkıların temelini atmıştır.
İshak Efendi'nin eğitim ve kariyeri, Osmanlı Devleti'ndeki bilimsel gelişmelere büyük katkılarda bulunmuş bir yolculuğa işaret eder. 1806-1815 yılları arasında İstanbul'daki Mühendishâne-yi Berrî-yi Hümâyun'da eğitim görmüş olan İshak Efendi, bu dönemde dikkat çeken bir öğrenci olmuştur. Özellikle matematik ve bilim alanlarındaki başarısı, eğitim gördüğü kurumun öğretmenlerinin dikkatini çekmiş ve onun gelecekteki önemli bir bilim insanı olacağının sinyallerini vermiştir.
1816 yılında İshak Efendi, ülkenin farklı bölgelerindeki tadilat işlerine katkı sağlamak üzere Medine'ye gönderilmiştir. Bu deneyim, onun pratiğe dayalı bilgi edinmesine ve askerî mühendislik alanındaki becerilerini geliştirmesine olanak tanımıştır.
1824 yılında ise İshak Efendi, Dîvân-ı Hümâyun'da tercümanlık görevine atanmıştır. Bu pozisyon, onun dil yeteneklerini ve diplomatik yeteneklerini ön plana çıkarmıştır. Ayrıca Dîvân-ı Hümâyun'daki görevi, İshak Efendi'nin devlet yönetimiyle yakın temas kurmasına ve Osmanlı hükümetinin iç işlerine daha fazla dahil olmasına olanak sağlamıştır. 1830 yılında, Mühendishane'nin eğitim seviyesini yükseltme hedefi doğrultusunda Mühendishâne-yi Berrî-yi Hümâyun'un başhocalığına atanmıştır. "Başhoca" ya da "hoca-yı evvel" unvanı, bu okulun ilim ve fen bakımından en üst düzeydeki hocasına verilen bir unvandır. Bu görev, sadece eğitimle ilgili değildi ve başhoca aynı zamanda başmühendis olarak da kabul edilirdi. İshak Efendi'nin başhoca olarak görev yaptığı dönemde, Mühendishane'deki eğitim programları Batı'daki benzer okullarla uyumlu hale getirilmiş, matematik, fizik, kimya ve mekanik gibi birçok disiplinde Türkçe terminoloji oluşturulmasına önemli katkılar sunulmuştur. İshak Efendi'nin kitapları, ölümünden sonra bile Mühendishane'de ders kitabı olarak kullanılmış ve Osmanlı Devleti'nin bilimsel gelişimine katkıda bulunmaya devam etmiştir.
İshak Efendi'nin bilimsel katkıları sadece eğitim alanıyla sınırlı değildi, aynı zamanda Osmanlı Devleti'nin modern bilime açılan kapısını aralamasına da öncülük etti. Bu alandaki en öne çıkan çalışması, Mecmûa-yı Ulûm-ı Riyâziye adlı eseridir. Bu çalışma Osmanlı coğrafyasında modern bilimi tanıtan ilk eser olarak kabul edilmektedir ve İshak Efendi'nin büyük bir bilimsel öncülüğünü temsil etmektedir.
İshak Efendi bu çalışmasıyla ilgili kaynaklarını net bir şekilde belirtmemektedir. İlk baskısı İstanbul'da, ikinci baskısı ise Mısır'da yapılmıştır. Mecmûa-yı Ulûm-ı Riyâziye, 1831 ile 1834 yılları arasında yazılmış ve 1841 ile 1842 yıllarında iki farklı baskısı gerçekleştirilmiştir. Bu eser, özellikle matematik alanında büyük bir ilerleme kaynağı olmuştur. İshak Efendi'nin bu çalışmasında, matematikle ilgili Türkçe terminolojinin geliştirilmesi önemli bir adımdı ve özellikle diferansiyel integral notasyonlarının Türkçe karşılıklarının ilk kez kullanıldığı bir eserdir.
Mecmûa-yı Ulûm-ı Riyâziye'nin yapısı dört ciltten oluşmaktadır. İlk iki cilt matematikle ilgili temel konuları kapsar ve bu ciltler, Osmanlı toplumunun modern matematiği anlamasına ve öğrenmesine yardımcı olmuştur. III. cilt fizik ve mekanik konularına odaklanırken, IV. ve son cilt, kimya, mineroloji, botanik ve astronomi gibi bilim alanlarına dair önemli bilgiler sunar.
Ayrıca İshak Efendi'nin diğer eserleri de dikkate değerdir. Nasbü'l-Hayyâm (1826), askerî alanda yazılmış ve Sultan II. Mahmud'a sunulan bir eserdir. Tuhfetü'l-Ümerâ (1827), askerî strateji konusunda önemli bilgiler içerirken, Usûl üs-Siyağa (1831-1833) top dökümü hakkında temel bilgiler sunar. Aksü'l-Merâyâ fî Ahzi'z-Zevâyâ (1835) yükseklik ve mesafe ölçme aletlerinin kullanımıyla ilgilidir ve astronomi ile geometri temellerini içerir. Usûl-i İstihkâmât (1831-1834) askerî alanda yazılmış bir Fransızca çalışmanın tercümesidir ve askerî mühendislik konularında önemli bir kaynaktır. Son olarak Kavâid-i Ressâmiye topografya hakkında önemli bilgiler içeren bir deniz lağımı risalesidir.
Bu çalışmalar, döneminde kara ve deniz askerî alanında hem teorik hem de pratik sorunların çözümüne önemli katkılarda bulunmuş ve Osmanlı Devleti'nin modern bilim ve teknolojiye geçiş sürecine ışık tutmuştur. İshak Efendi bu eserleriyle hem Osmanlı coğrafyasındaki bilimsel bilginin gelişmesine katkı sağlamış hem de Osmanlı Devleti'nin modernleşme çabalarına önemli bir ivme kazandırmıştır.
İshak Efendi, hayatının büyük bir bölümünü öğrenme ve bilgiye katkı sağlama yoluna adayan azimli ve çalışkan bir karaktere sahipti. Bu özellikleri onun döneminde önemli bilimsel ve eğitimsel gelişmelerin odağında olmasına sebep oldu.
Avrupa bilimlerinin Osmanlı eğitiminde ve özellikle mühendishanelerde yer edinmesi için ilk adım, bu bilimleri konu alan eserlerin tercüme edilmesiydi. Bu konuda en büyük katkılardan biri Başhoca İshak Efendi'ye aittir. İshak Efendi, Avrupa bilim ve teknik eserlerini Türkçe'ye tercüme eden ilk kişi olmasa da bu faaliyeti sistemli bir şekilde yürütmüş ve ansiklopedik bir eser derlemekte başarılı olmuştur. Başhocalığı döneminde hem eğitim usulünde hem de eğitim materyallerinde yenilikler yapmıştır.
Takvim-i Vekâyi' gazetesinde 22 Ekim 1833 tarihinde yayımlanan bir yazı, Mühendishâne-yi Berrî-yi Hümâyun'daki günlük eğitimle ilgili İshak Efendi sonrası yapılan değişiklikleri ve eğitim sistemi farklarını açıkça ortaya koymaktadır. Bu yazıda İshak Efendi'nin son sınıftaki ders içerikleri ve usulü anlatılmaktadır. Bu sınıf, biri tatbikat olmak üzere beş ders içermektedir. Her sabah otuz altı mühendis adayı, erken saatlerde kütüphaneye gelip kendilerine ayrılmış sandalyelere oturur ve derslere başlar. Talebeler üçlü takımlara ayrılır ve her takım sırayla o günkü dersin yazılı, hesap ve şekillerini büyük kara tahtaya işler. Dersler farklı konuları içerse de işleyiş aynıdır. Önce hoca dersi anlatır, nöbetçiler tahtaya yazar, talebeler de bu bilgileri kendi tahtalarına kopyalar. Daha sonra hoca değerlendirme yapar, işlemleri gözden geçirir ve soru-cevap şeklinde alıştırmalar yapılır. Ders bitiminde talebeler ikinci derse kadar odalarında dinlenir.
Sabahın ilk dersinde, Bezout'un matematik kitabından Fransızca kısa bir metin çevirisi yapılır, ardından aynı kitaptan "hidrolik" konusu işlenirdi. İkinci derste İshak Efendi'nin Mecmua-yı Ulum-i Riyaziye'sinden mekanik (ilm-i cerr-i eskal) okutulurdu. Camide öğle namazından sonra üçüncü ders olarak mantık dersi okunurdu. Dördüncü derste, hoca kendi yazdığı Usulü's-Siyağa (top dökümü) kitabını okutur, beşinci derste ise tatbikat yapılırdı. Bu tatbikatta bir halife, bir ressam ve on talebeyi seçer ve okunan derslerin uygulamasını yapar, sonuçlar başhoca tarafından değerlendirilirdi.
Mühendishane'deki diğer dersler, sınıflarına göre farklı hocalar tarafından verilirdi. Örneğin II. Halife İsmâil Efendi sabahları Hüseyin Rıfkı Tamânî'nin Usul-i Hendese kitabını, öğleden sonra ise Mecmua-yı Ulum-i Riyaziye'nin III. cildini okuturdu. Son sınıf öğrencilerinden hocaefendinin oğlu Sâmi Efendi, Bezout'un I. cildini ve öğlen Arapça dil bilgisi eseri olan Maksud Risalesi'ni okuturken, diğer öğrenciler Fransız grameri ve diyalog dersleri verirlerdi.
İshak Efendi'nin başhoca olduğu dönemde, büyük kara tahta ve öğrencilerin ders notları için yazı tahtalarının kullanılmasını içeren yenilikler getirildiği de Takvim-i Vekayi' yazısından anlaşılmaktadır.
Başhoca olarak görev yaptığı dönemde öğrencilerine sunduğu eğitim programları, Batı'daki ileri bilim okullarına paralellik göstermiş, Mühendishane'de yetişen birçok önemli âlimi şekillendirmiş ve onları bilim dünyasına hazırlamıştır. İshak Efendi'nin eğitimciliği, bilimsel düşünceyi Osmanlı toplumunun bir parçası haline getirme çabasının bir yansımasıdır.
Son görev yeri olan Hicaz'dan dönüş yolunda, 1836 yılında Süveyş'te vefat etmiştir. Ölümü, Osmanlı Devleti'nin bilim ve eğitim dünyasına büyük bir kayıp olarak nitelendirilmiştir.
Son yıllarda Başhoca İshak Efendi'nin çalışmaları çok sayıda bilim tarihi incelemesine konu olmaktadır. Bu araştırmaların bir kısmı Mecmûa-yı Ulûm-ı Riyâziye'de astronomi, ısı ve elektrik ile analitik geometri konularının nasıl ele alındığını eleştirel bir incelemeye tâbi tutmaktadır. Bir diğer kısmı ise İshak Efendi'nin kendi yazdığı kitaplardaki top dökümü ile açı ölçme yöntem ve aletlerini incelemektedir. Bazı araştırmalar ise Osmanlı'da modern kimya bilimine geçiş, astronomi çalışmalarının gelişimi, balistik çalışmalarının gelişimi, ters trigonometrik fonksiyonların Osmanlı matematiğine girişi gibi konularda İshak Efendi'nin katkılarını ele almaktadır. Bu çalışmalarda İshak Efendi'nin eserlerinin bir kısmının zamanın bilgisinin gerisinde kalmasıyla birlikte Osmanlı toplumunun o günkü bilimsel düzeyi açısından ileri bir seviyede bulunduğuna ve çalışmalarının pedagojik değerine dikkat çekilmektedir.