Türkiye Diyanet Vakfı, 3 Aralık 1988 tarihinde aldığı bir kararla İstanbul'da ilim adamlarından oluşan idare meclisi yönetiminde İslam Araştırmaları Merkezi'ni (İSAM) kurdu. İslam Araştırmaları Merkezi 1983 yılından itibaren Üsküdar Bağlarbaşı'ndaki binasında faaliyetlerini sürdüren TDV İslam Ansiklopedisi Genel Müdürlüğü'nün bünyesinde çalışmalarına başladı. Merkezin amacı, çalışma talimatının beşinci maddesinde, "İlmî araştırmalar yapmak, İslamî ilimler ve şarkiyat alanlarında ilmî eserler yayımlamak, yurt içinde ve yurt dışında ilmî toplantılar düzenlemek, araştırmacılar yetiştirmek, araştırma kütüphanesi ve dokümantasyon birimi kurmak" şeklinde ifade edilmiştir. İslam Araştırmaları Merkezi, Türkiye Diyanet Vakfı'nın 19 Mart 1993 tarihinde aldığı bir kararla TDV İslam Ansiklopedisi Genel Müdürlüğü ile birleştirilerek Türkiye Diyanet Vakfı İslam Araştırmaları Merkezi olarak teşkilatlandırıldı ve ansiklopedi çıkarma görevi de İslam Araştırmaları Merkezi'ne verildi (bk. TDV İslam Ansiklopedisi). Bu yeni düzenlemede akademik çalışmaların planlarını yapmak ve bunları idare etmek üzere "araştırmacılar kurulu", ansiklopedi maddelerinin işlem gördüğü süreçleri takip etmek üzere "inceleme kurulu", "ilim kurulları" ve "teknik redaksiyon kurulu" ve "yayın kurulu" yer almıştır. 1996 yılında idare meclisi kaldırılmış, yetkileri iki yıl için görevlendirilen başkana verilmiş, ilmî konuların görüşüleceği beş veya yedi kişilik danışma kurulu oluşturulmuş, bu kurulun yetkileri 1998'de genişletilerek idarî konular da eklenmiştir.
İslam Araştırmaları Merkezi günümüzde bir yandan Türk ve İslam dünyasının tarihsel mirasını bilimsel yöntemlerle araştırarak dikkatlere sunmakta, diğer yandan İslam dünyasındaki dinî, kültürel, toplumsal gelişmeleri takip ederek araştırmacı, bilim insanı ve alana ilgi duyanlar için bilgi birikimi sağlamaktadır. Ayrıca nitelikli çalışmalar yürütmek amacıyla yurt içinde ve yurt dışındaki bilimsel ve akademik kurumlarla ilişkilerini de sürdürmektedir.
İslam Araştırmaları Merkezi bünyesinde çeşitli faaliyet ve projeler gerçekleştirilmektedir. Bu faaliyetlerden biri de Araştırmacı Yetiştirme Projesi'dir (AYP). Bu amaçla merkezin kurulmasından önce vakıf tarafından Almanya, İngiltere, Fransa ve Amerika'ya yüksek lisans ve doktora öğrencileri gönderilmiştir. Araştırmacıların İslamî ilimlerin yanı sıra siyaset, tarih, ekonomi, felsefe, sosyoloji, antropoloji, dinler tarihi, ilimler tarihi ve edebiyat gibi alanlarda çalışma yapmaları sağlanmıştır. Günümüzde doktora öğrenimlerini tamamlayan bu araştırmacılardan bazıları merkezde araştırmacı olarak görev yaparken bazıları da çeşitli üniversitelere intisap ederek akademik ilerlemelerine devam etmektedir. Ayrıca Yaz Araştırma ve Eğitim Destek Programı (YADEP), Lisans Akademik Destek Programı (LADEP) sayesinde hem araştırmacılar hem de öğrenciler desteklenmektedir. Lisans Akademik Destek Programı (LADEP) Türkiye'deki İlahiyat lisans eğitimini akademik sahada desteklemek amacıyla dört yıldır uygulanan bu program Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi ve İslam Araştırmaları Merkezi arasında imzalanan bir protokol ile hayata geçirilmiştir. Daha sonra İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi de bu programdan yararlanmaya devam etmiştir. Misafir Araştırmacı Programı (MAP) sayesinde hem yurt içi hem de yurt dışında bir üniversitede araştırmacı/öğretim üyesi olanların akademik projelerine katkıda bulunmak amaçlanırken Doktora Sonrası Misafir Araştırmacı Programı ile İslamî ve sosyal bilimler alanlarında çalışmak isteyen araştırmacılar İslam Araştırmaları Merkezi Yerleşkesi'nde bir akademik dönem boyunca kütüphane ve dokümantasyon hizmetlerinden ücretsiz yararlanabilmektedir.
İslam Araştırmaları Merkezi ansiklopedinin dışında pek çok önemli bilimsel yayın da neşretmiştir. Planlı bir şekilde devam eden yayın çalışmaları ve neşredilen eserler merkezin web sayfasından takip edilebilir.
İslam Araştırmaları Merkezi'nin ana birimlerinden biri olan Araştırma Birimi; Yönetim Kurulu'nca seçilen Araştırmacılar Kurulu'nun gözetimi altında ilmî faaliyetlerini planlamak, araştırma geliştirme programlarını yapmak ve uygulamak için gerekli girişimlerde bulunmakla sorumludur. Çalışmalar bu birim bünyesinde kurulan Yayın Kurulu; İslam Araştırmaları Dergisi Yayın Kurulu, İSAM Bülteni Yayın Kurulu, Kurumlar Arası İlişkiler Komisyonu, İlmî Toplantılar Komisyonu, Proje Komisyonu, Basın ve Halkla İlişkiler Komisyonu gibi kurullar tarafından yürütülmektedir. Bu çerçevede çeşitli içerikte ilmî toplantılar düzenlenmekte, daha çok yüksek lisans ve doktora öğrencilerine yönelik olarak sürekli seminerler yapılmakta, misafir araştırmacı programı yürütülmekte, değişik yayın dizileri hazırlanmaktadır.
500.000'e yakın kitap, 4500 dergi, 18.823 doküman, 23.670 Osmanlı kadı sicillerinden oluşan zengin bir koleksiyona sahip olan İSAM Kütüphanesi, 1984 yılında ansiklopedi yazma sürecinde kurulmuş olup günümüzde de kendini geliştirerek modern yöntemlerle araştırmacılara hizmet sunmaya devam etmektedir. Kütüphane bir katı 1200 m2 olmak üzere beş katlı müstakil binasında faaliyet göstermekte olup satın alma dışında bağış ve mübadele yoluyla da koleksiyonunu zenginleştirmektedir. TDV İslam Araştırmaları Merkezi Kütüphanesi, bünyesinde bulundurduğu eserlerin konuları itibariyle bir "sosyal bilimler kütüphanesi"dir. Kütüphanede aralarında Ziyad Ebüzziya, Orhan Şaik Gökyay, Nejat Göyünç, Hilmi Oflaz, Nihat M. Çetin, Yavuz Argıt, Albert Hourani, Jacques Waardenburg, Kasım Küfrevî, Kathleen R.F. Burril, İlber Ortaylı, Fethi Gemuhluoğlu, Turgut Akpınar, Baykan Sezer, Mahmut Şakiroğlu, Nihat Keklik, Cahit Öztelli, Stanford Shaw/Ezel Kural Shaw, Rüçhan Arık/Oluş Arık, Aynur Durukan, Asım Gültekin, Timur Kocaoğlu ve Fahreddin Kabâve gibi isimlere ait birçok özel koleksiyonun yanı sıra Yusuf İzzeddin Efendi, Hüseyin Hilmi Paşa, Kemal Batanay, Muhammed Tancî, Cüneyd Kosal ve Halil Sahillioğlu arşivleri de yer almaktadır. Arapça, Osmanlıca, İngilizce ve Farsça İslam dini ile ilgili temel kaynakların ilk baskılarını ihtiva eden Küfrevî Koleksiyonu da İSAM Kütüphanesi'nde bulunan özel koleksiyonlar arasındadır.
Merkezde akademik araştırmalara destek sağlamak üzere İSAM Kütüphanesi Veri Tabanı, Türkiye Kütüphaneleri Veri Tabanı, Tezler Veri Tabanı, Makaleler Veri Tabanı, İlahiyat Fakültelerinde Devam Etmekte Olan Yüksek Lisans ve Doktora Tezleri Veri Tabanı, İlahiyat Makaleler Veri Tabanı ile arşiv programları hizmeti de sunulmaktadır. Türkiye Kütüphaneleri Veri Tabanı'nda, İstanbul'daki yazma eser kütüphaneleri başta olmak üzere 120 değişik kütüphaneye ait yaklaşık 705.000 yazma ve matbu esere ait bibliyografik künye yer almakta ve aranılan bir yazma eserin bu 120 kütüphaneden hangisinde mevcut olduğu tespit edilebilmektedir. Bu veri tabanında yer alan ve Kültür Bakanlığı bünyesinde bulunan altmış altı kütüphanenin katalog bilgileri için Kültür Bakanlığı ile İslam Araştırmaları Merkezi arasında bir protokol imzalanmış olup bahsi geçen altmış altı kütüphanenin katalog bilgilerine İslam Araştırmaları Merkezi'nin internet adresinden de (http://kutuphane.isam.org.tr/2001arama.htm) ulaşmak mümkündür.
Ayrıca Türkiye'de sosyal bilimler sahasında yapılmış ve İslam Araştırmaları Merkezi'nin faaliyetleriyle alakalı tezlerin bibliyografik bilgilerini toplamak ve yeni yapılan tezleri izleyerek kayıtlarını sürekli güncelleştirmek suretiyle bir veri tabanı oluşturulmuştur. Bu veri tabanı içinde yer alan ve yüksek lisans-doktora tezi olarak İlahiyat fakültelerinde hazırlanan tezlerin katalogu yayımlanmıştır. İlahiyat Fakültelerinde Devam Etmekte Olan Yüksek Lisans ve Doktora Tezleri Veri Tabanı'na TDV İslam Araştırmaları Merkezi'nin web sayfası üzerinden erişilebilmektedir.
İslam Araştırmaları Merkezi'nde Tayyar Altıkulaç (1989-1996), Azmi Özcan (1996-1999), Ş. Tufan Buzpınar (1999-2001), Şahin Uçar (2001-2002), İlyas Üzüm (2002-2003), M. Âkif Aydın (2003-2014), Raşit Küçük (2014-2022) başkanlık görevinde bulunmuş, 2022 yılı itibariyle de bu görevi Mürteza Bedir üstlenmiştir. Bekir Topaloğlu, Hayreddin Karaman, İsmail E. Erünsal, Tayyar Altıkulaç, M. Saim Yeprem, Mustafa Çağrıcı, Metin Tuncel, Ömer Faruk Harman, M. Orhan Okay, İbrahim Kâfi Dönmez, Ahmet Özel ve Tahsin Görgün İslam Araştırmaları Merkezi'nin idare meclisi, danışma kurulu ve yönetim kurullarında görev yapmış olan isimlerdendir.