İstanbul'da doğdu. Asıl adı Ahmet Necip'tir. Babası Abdülbaki Fâzıl Bey (1889-1922), annesi Mediha Hanım'dır. Baba tarafından Maraş'ta Kısakürekzâdeler olarak bilinen ve Dulkadıroğulları'na dayanan müftü, müderris, şeyh ve şeyhülislamlar yetiştiren köklü bir aileye mensuptur. Annesi Mediha Hanım, Girit muhaciri bir ailenin kızıdır. Mehmed Hilmi Efendi'nin Çemberlitaş'taki konağında doğan Ahmet Necip, varlıklı ve kültürlü bir ortamda hayatını sürdürdü.
Hareketli ve yaramaz bir çocukluk dönemi olmuş, ilk okuma derslerini büyükbabasından almıştır. Geçirdiği hastalıklar sebebiyle kısa sürelerle Büyükdere'de Emin Efendi'nin mahalle mektebi, Gedikpaşa tarafındaki bir Fransız mektebi ve Amerikan mektebi yanında İstanbul'da Büyük Reşid Paşa Numune Mektebi, Vaniköy'deki Rehber-i İttihat Mektebi'ne devam etmiş; nihayet Heybeliada Numune Mektebi'nden mezun olmuştur (1916). Aynı yılın eylülünde kaydolduğu Heybeliada'daki Bahriye Mektebi'nde (Mekteb-i Fünûn-ı Bahriye-yi Şâhâne) bir namzet üç güverte sınıfından meydana gelen dört yıllık eğitimini tamamlayarak diploma almıştır.
Mahalle mektebindeki hocası Emin Efendi'den "İyi adamdı" diye söz eder; "Çocukları dövme taklidi yapar fakat dövmezdi" der. Fransız papaz mektebindeki papazlar kendisine pek haşin ve tatsız gelir, orada barınamaz. Amerikan mektebini başta sevdiği halde bir süre sonra oradan da sıkılır, evdekilere okulun tatil olduğunu söyleyip okula gitmeyince kaydı silinir. Yatılı olarak kaldığı Rehber-i İttihat Mektebi kendisi için bir "kâbus" olur, konağı ve annesini özler. Bahriye Mektebi en düzenli eğitim aldığı okuldur. İttihatçılar'ın ütopyasına göre Fransız terbiyesi altında "prenseslerin ellerinden öpmeğe namzet zabitler sıfatıyla" yetiştirilirler (Kısakürek, 2013: 39). Hocaları arasında Aksekili Ahmet Hamdi (din dersleri); Yahya Kemal (tarih) ve İbrahim Aşkî (edebiyat) gibi isimler vardır. Sonradan hayatında önemli bir yer tutacak olan tasavvufî ilk eserleri (Semerâtü'l-Fuâd, Dîvân-ı Nakşî) İbrahim Aşkî'nin rehberliğinde bu okulda okur. Buradayken isminin baba ismiyle beraber anıldığı "Necip Fazıl" şeklini benimseyerek şiirlerinde ve yazılarında onu kullanır ve öyle tanınır.
Bahriye Mektebi'nden sonra bir süre annesiyle beraber dayısının görev yeri olan Erzurum'da kalır. 1921 yılının Eylül-Ekim aylarında o günkü adıyla İstanbul Dârülfünunu Edebiyat Medresesi Felsefe Şubesi'ne girer. Ismayıl Hakkı (Baltacıoğlu), Mustafa Şekip (Tunç), Mehmet Emin (Erişirgil), Mehmet İzzet'in hocalık yaptığı Felsefe Şubesi'nde kendini en fazla Mustafa Şekip'e yakın bulur. Hasan Âli (Yücel), Ahmet Kutsi (Tecer), Ahmet Hamdi'yle (Tanpınar) tanışıklıkları yatılı kaldıkları Yüksek Öğretmen Okulu yurdundandır. Şairliği de bu yıllarda Yeni Mecmua (1923) ve Anadolu Mecmuası'nda (1924) yayımlanan şiirleriyle ortaya çıkar. Maarif Vekâleti'nin açtığı sınavı kazanarak tahsil için Ocak 1925 tarihinde gittiği Paris'ten aynı yılın sonbaharında geri döner. Daha çok gece hayatı içinde bulunduğu Paris'e ait izlenimlerinden doğan Kaldırımlar (1928) şiiriyle ismi edebiyat dünyasında daha da öne çıkar; yeni bir ses ve hava getiren şiiriyle şiir okuyucuları kadar dönemin şairleri üzerinde de bir etki alanı oluşturur. "Kaldırımlar şairi" olarak anıldığı bu döneminde kendisinden "bir mısraı bir millete şeref verecek şair" diye söz edilir (Kısakürek, 2013: 68).
Necip Fazıl'ın sanat ve düşünce hayatı genel olarak iki dönem halinde ele alınagelmiştir. İlk şiirleriyle ortaya çıktığı tarihten 1934'e kadar olan dönemde o sanat ve dildeki gücü ve yer yer ortaya çıkan metafizik arayışlarıyla Türk şiirinde yeni bir yol açıcı; "fildişi kule"sinde yaşayan bir sanatkâr olarak görülür. Nakşî şeyhi Abdülhakim Arvâsî Efendi'yi tanıdığı 1934 yılını, önüne yeni ufukların açıldığı ikinci döneminin başlangıcı olarak ifade eder.
Ekim 1938'de kendini bir "dolap beygiri" gibi görüp "içtimaî memuriyetin neyse ona atıl" diyerek on sene kadar süren banka memuriyetinden ayrılır. Hazırlık süresi olarak kabul edilebilecek bu on yılın (1934-1943) ardından şiirini ve sanatını bir "dava"ya adadığı ikinci dönemi 1943 yılında Büyük Doğu dergisini çıkarmasıyla başlar ve ömrünün sonuna kadar devam eder. Bu arada bir Fransız mektebi, Ankara Devlet Konservatuvarı, Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi, İstanbul Güzel Sanatlar Akademisi ve Robert Kolej gibi okullarda uzun süreli olmayan hocalık görevlerinde bulunmuştur.
1938 yılında yazdığı "Büyük Doğu Marşı" şiirinde net bir şekilde kullandığı "Büyük Doğu" kavramı, onun hayatını adadığı İslam davasına bir alem olacaktır. İnsanlığa tek alternatif gibi sunulan Batı medeniyetine karşı Batı'nın zıddı bir Doğu medeniyetinin bulunduğunu hatırlatan bu adlandırma Büyük Doğu dergisine ve "Büyük Doğu Gençliği" dediği bir gençlik idealine de isim olur. Büyük Doğu dergisini çıkarmaya başladıktan sonra hocalık veya dergi çıkarma işinden birini tercih etmesi yönündeki bakanlık ihtarına "Elli kişilik bir sınıftansa, bütün vatanıma hitap edici kürsüyü, yani Büyük Doğu'yu" tercih ettiği cevabını verince akademideki görevinden alınır (Çetin, 2010: 58). Necip Fazıl'ın "bir millet mürebbisi" gibi hareket ettiği hayatının ikinci döneminde düşüncesi, sanatı ve aksiyonuyla tamamen kendini davasını ortaya koymaya ve savunmaya verdiği görülmektedir.
Sanatı Allah'ı arama işi olarak gördüğü yeni dönemi, İslam'ın hayatın bütün alanlarından uzaklaştırılmaya çalışıldığı, toplumun büyük oranda sindirildiği bir dönem olarak görür. Buna rağmen daha ilk çıkış süreci içinde "İdeolocya Örgüsü"nü bölüm bölüm yayımlamaya başlar. Daha sonra kitaplaşacak da olan (1959, 1968) bu eserde mücadelesinin fikrî arka planını örgülendirir. Bir çeşit hesaplaşma özelliği de taşıyan eserde her türlü dünyevi ve felsefî kaynaklı sistemler eleştirilip reddedilirken yeni bir model halinde İslamî dünya görüşü ortaya konulur.
Ne söylediği kadar nasıl söylediğiyle, insan ve toplum ilişkilerindeki tutumuyla da bir cazibe sahibi olan Necip Fazıl, başta Anadolu insanı olmak üzere bütün topluma, millete yönelmiş, âtıl zihinleri tutuşturucu yeni bir uyanış dediği hareketine öncülük yapmıştır. Hayatının son döneminde bu mayanın tuttuğunu, yıllardır savunduğu davasına sahip çıkan bir gençliğin doğduğunu ifade etmiştir.
1943-1978 yılları arasında otuz beş yıl defalarca kapanıp kesintilerle çıkarabildiği Büyük Doğu dergisi döneminde hakkında birçok dava açılmış, bu davalardan farklı dönemlerde toplam dört yıla yakın hapis yatmıştır.
Eğitimciliği sınıf kürsülerinde başlayıp ardından millet kürsüsünde devam eden Necip Fazıl, önce 1949-1951 yılları arasında, kurduğu Büyük Doğu Cemiyeti faaliyetleri sırasında, Anadolu'nun çeşitli yerlerindeki şube açılış toplantılarında konuşur. 1963'ten 1970'li yılların sonuna kadar ise bir çığır halinde devam eden ve her gittiği şehirde büyük ilgi ve heyecanla karşılanan konferanslarını bütün Anadolu sathına yaymıştır. "Yolumuz Halimiz Çaremiz", "İman ve Aksiyon", "Türkiye ve Komünizma", "Dünya Görüşümüz", "Sahte Kahramanlar" gibi başlıklarla bazıları farklı şehirlerde defalarca tekrar edilen konuşmalarında "yeni bir İslamî şuur, meselesi olan yeni bir gençlik" ortaya çıkarmaya çalışmıştır. Onun Büyük Doğu dergisindeki yazıları ("İdeolocya Örgüsü"), yazdığı şiirler ("Çile", "Sakarya Türküsü", "Zindandan Mehmed'e Mektup") ve yayımlanan eserlerinin de ortak bir anlayış içinde bütünlendiği görülmektedir. Bunun yanında "Özlediğimiz Nesil" başlıklı konferansında (Kısakürek, 1976b: 135-185) hayal ettiği ideal gençliğin özelliklerini anlatmış; 1946 yılında yaptığı "Maarif Davamız" başlıklı konuşmasında ise Türkiye'nin maarif meselelerini ele almıştır.
Önce 1968 yılında Van'da "Özlediğimiz Neslin Vasıfları" adıyla verdiği daha sonra başka şehirlerde de tekrar ettiği (Ak, 2016: 232-233, 236, 360-361) konferansta bu "vasıflar"ı on bir başlık altında toplar. Bunlar sırasıyla "Vecd ve Aşkla Yanma"; "Üstün Akıl ve Sır İdraki"; "Nefis Muhasebesi, Düşünme"; "Eşya ve Hadiseye Hakimiyet ve Onları Tasarruf Mizacı"; "Aksiyon Ruhu"; "Gözükaralık"; "Fedakârlık ve Disiplin"; "En Derin Merhamet İçinde En Keskin Sertlik"; "Başta Samimiyet, Her Şubesiyle Onun (İslam peygamberi) Ahlakı"; "Zarafet ve Estetik"; "Ümmet Modeli Olarak Sahâbîyi (Örnek) Almak"tır. Bunları tek tek açıklayan Necip Fazıl, kendisinin "gence kur yapmak mevkiinde" olmadığını, "gence, yaşanmaya layık hayatı telkin etmek mevkiinde" bulunduğunu belirtir: "Gerekirse onu acıtırız, üzeriz, incitiriz" der. Ayrıca "Zindandan Mehmed'e Mektup" şiirine de değinen şair, bu şiirdeki Mehmed'in kendi oğlu olduğunu, ancak onu bu şiirde oğlu olarak değil gençliğin sembolü olarak muhatap aldığını belirtir (Kısakürek, 1976b, s. 148).
"Maarif Davamız" adlı konuşmasında (1946), Tanzimat'tan Cumhuriyet'e yüzyıllık (1839-1939) "haşmetli bir maarif meselemiz" olduğunu belirtir. Milletin Doğu ve İslam medeniyet kaynağıyla alakasını kesmesiyle ortaya çıktığını belirttiği bu meselenin önce sebep ve neticelerini yedi başlık altında belirler: Nasıl bir insan ve cemiyet olmak istediğimiz konusunda "peşin ve köklü bir tecrit ve teşhise yanaşmadık"; Doğu ve Batı örnekleri arasında "büyük çapta bir iç ve dış hesaplaşmasına girişmedik"; hal böyle olunca yetiştirme konusunda "bir ana fikir-plan sahibi olamadık"; Batı'yı yüzeyden "kopya etmeğe savaştık"; bunda bile başarılı olamadık; hatta beceriksizliğe düştük; sonuçta "Maarif idaresini kısır ve ideolocyasız hamleleri ifşa eden bir cihaz olmaktan kurtaramadık." Üniversite yıllarından arkadaşı olan Maarif Vekili Hasan Âli Yücel'i de ismen konuşmasına dahil etmiş, 1939 yılında yolun ne olduğunu belirtmek için ona maarifte uygulanması gereken bir plan çizdiğini ifade etmiştir. Önce bir süre desteklediği Yücel hakkında daha sonra lehte ve aleyhte bir fikir belirtmemiş, ancak "Hakkında hiçbir taahhüdüm olmadığı halde ümidimin ne kadar boşa çıktığını anladım" demiştir.
Konuşmasının devamında müşahhas planda tespit ettiği on dört maarif meselesini açıklamıştır. Bunlar "ana fikir-plan"; "okumayı genişletme"; "yetiştiriciyi yetiştirme"; "mektep kitapları"; "ahlak ve disiplin"; "dil ve ıstılah"; "üniversite"; "politeknik"; "yabancı profesör"; "Avrupa'ya gönderilecek talebe"; "sanat ve ilim hareketlerini doğurma ve koruma"; "halk terbiyesi"; "dünya irfanını nakil"; "kütüphane ve müze" olarak belirlenmiştir.
Tespit ettiği meseleler üzerinde açıklamalarda bulunan Necip Fazıl ana fikir ve plansız hiçbir işin olmayacağını belirterek bunun için ülkenin sentez kafası taşıyan fikir adamlarından maarif konusunda ayrı ayrı bir plan tezi istenebileceğini, bunları genel bir tenkitten geçirerek plana esas olacak ilk hükme varılabileceğini dile getirir.
Konuşmasında, memleketin madde planında imarına çalışırken ruh olarak kimler için hazırlanacağının düşüncesi gerektiğini vurgular. Yetiştirici olarak öğretmenler üzerinde dururken o dönemdeki öğretmen kadrosu içindeki mesleği öğretmenlik olmayan memur ve zabit emeklileri, ehliyet vesikası sahipleri, orta muallim mektebi mezunları, herhangi bir mektep mezunları, üniversite mezunları gibi "devşirilmiş öğretmenlere" dikkat çeker. Ahlak ve disiplin konusunda okullar için bir ahlak ve disiplin nizamnamesi hazırlamaktan söz eder. Dil ve ıstılah konusu da en fazla üzerinde durduğu meselelerdendir. Sanat ve ilim hareketlerinde sanat ve ilim adamlarını "kendi öz tekevvünleri içinde serbest bırakmak" ancak iktisadî faktör ve toplumsal rol bakımından onların devletçe desteklemesinden yanadır. Konuşmasında "ilim" ile "fenn"i birbirinden ayırmakta ilmi "mücerret bir arayış manzumesi" olarak görmektedir. Fenni ise "bu arayış içinde kanunlaşmış, sınırları çizilmiş, tatbik mevzuu olmuş bilgi çerçeveleri" olarak tanımlar.
İdeolocya Örgüsü adlı eserinde ütopik bir söylem içinde "büyük Türk devletinin" özelliklerini anlatırken yeri geldikçe eğitimle ilgili meselelere de değinen Necip Fazıl'ın köylüyü okutup terbiye etmek meselesini de öğretmene bağladığı görülmektedir. O "Öğretmen Bey" başlıklı bir de hikâye yazmış bu hikâyede idealist bir köy öğretmenini konu edinmiştir. Köyün âdeta her meselesiyle ilgilenen, kendini, köyü ve köylüyü eğitip kalkındırmaya adayan bu öğretmen, 1950'lerde Mahmut Makal'ın Bizim Köy romanındaki öğretmen tipinin tam zıddı, âdeta ona bir cevap gibidir.