Mecmûa-yı Fünûn Osmanlı Devleti'nin ilk sivil bilim örgütlenmesi Cem'iyet-i İlmiye-yi Osmâniye'nin yayın organıdır. Cemiyetin başkanvekili Mehmed Tâhir Münif Paşa'nın öncülüğünde ve yönetiminde yayımlanmıştır.
Cemiyetin tüzüğü gereği dinî ve siyasî meselelere mesafeli bir yayıncılık anlayışıyla çıkarılan Mecmûa-yı Fünûn'un ilk sayısı Muharrem 1279 (Haziran 1862) tarihini taşımaktadır. İki buçuk yıl boyunca düzenli olarak yayımlanan mecmuanın basımına 33. sayısından itibaren büyük kolera salgını ve ekonomik sebeplerle bir süre ara verilmiştir. Böylece 1281 Şevval, Zilkade ve Zilhicce (1865 Mart, Nisan, Mayıs) sayıları çıkarılamayan mecmuanın tatili 1865 yılında da devam ettirilmiştir. Mecmua, devletin de 50.000 kuruşluk desteğiyle Muharrem 1283'te (Mayıs 1866) 34. sayı ile yeniden okuyucusuyla buluşturulmuşsa da bu süreç bir yıl kadar devam ettirilebilmiş ve Safer 1284'teki (Haziran 1867) 47. nüsha ile mecmuanın yayımı tamamıyla sonlandırılmıştır. Bunda cemiyet üyelerinin başka görevlerle İstanbul'dan uzaklaşmaları, artık aidat ödeyememeleri ve vakit ayıramamaları da etkili olmuştur. Münif Paşa uzunca bir aradan sonra Rebîülevvel 1300 (Ocak 1883) tarihinde Mecmûa-yı Fünûn'u tek başına yeniden çıkardı. Fakat on altı yıl sonraki bu canlandırma çabası da sonuçsuz kaldı ve mecmua kapatıldı.
Mecmûa-yı Fünûn adı üstünde bir fenler dergisidir ve henüz Türk okuyucusunun pek tanımadığı jeoloji, fizik, kimya, biyoloji gibi pozitif bilimlerden tarih, coğrafya, pedagoji, felsefe, mantık, maliye ve iktisat gibi sosyal bilimlere kadar birçok konuya sayfalarında yer vermiştir. Felsefe mecmuanın önemle üzerinde durduğu konuların başındadır. Münif Paşa'nın "Târîh-i Hükemâ-yı Yunan" başlığını taşıyan on altı bölüm 154 sayfadan oluşan yazı dizisi, mecmuanın en uzun makalesidir. Aristo'ya kadar İlkçağ Yunan filozoflarını, hayatları ve bilhassa bilim ve ahlakla ilgili düşünceleriyle tanıtmaya yönelik seri makale, Türkiye literatüründe Batı kaynaklarından istifade edilerek hazırlanmış ilk Yunan felsefesi tarihlerinden biri kabul edilmektedir. Mecmuanın felsefeye dair diğer yazıları Hayrullah Efendi, Kadri Bey ve Mehmed Said imzalarını taşımaktadır. Hayrullah Efendi'nin iki sayı devam eden makalesinin adı "İnsanın Sath-ı Arzda Sûret-i Tekessürü ve İntişarı", Kadri Bey'inki "Alâim-i Semâviye", Mehmed Said'inki ise "Nazarî ile Amelî Beyninde Olan Cihet-i Vahdet" başlığını taşımaktadır.
Mecmûa-yı Fünûn'da tarih ve coğrafya da geniş biçimde işlenen bilim dalları olmuştur. Petersburg Sefiri Halil Bey ve Paris Sefiri Mehmed Cemil'in ortaklaşa kaleme aldıkları "Kudemâ-yı Mülûk-i Mısrıye" ve Fardis Efendi'nin "Târîh-i Mülûk-i Fars-i Kadîm"i Mecmûa-yı Fünûn'un dünya tarihinin iki eski uygarlığına eğilen ve kendi aralarında bir bütün oluşturan tefrikalarıdır. Osmanlı tarihçiliği adına bu yazılardaki yenilik, konuların ne geleneksel vakanüvis tavrıyla ne de Tanzimat'ın dış siyaseti açısından ele alınmış olmasıdır. Bu yazılarda her ülke kendi özgül gelişim çizgisi doğrultusunda, Osmanlı tarihinden bağımsız ve toplumsal yapılanma olarak incelenmiş ve böylece farklı uygarlık biçimleri belki de ilk defa kendi kimlikleriyle tanıtılmıştır.
Aynı şekilde Kadri Bey'in "Avrupa Kıtasının Mevkî-yi Coğrafyası ve Ahvâl-i Târîhiyesi" ve "Britanya Adaları Tarih ve Coğrafyası" başlıklı yazı dizileri de Tanzimat modernleşmesinin yöneldiği uygarlık odaklarını göstermesi bakımından dikkat çekicidir. Ahmed Rifat'ın, "Sırbistan Kıtası Tarih ve Coğrafyası" daha çok Balkanlar'daki siyasî dengenin Osmanlılar aleyhine değişmeye başladığının, Münif Paşa'nın "Süveyş Cedveli" başlıklı beş bölümlük yazısı Akdeniz'den Kızıldeniz'e açılan bu kapıyla dünya ticaret yolunun kısalmasının habercisidir.
Münif Paşa'nın "Cengiz Han" ile Kızılderililer'i anlattığı "Amerika Ahâlî-yi Asliyesi", Hindistan'da kadınların ölen kocalarıyla birlikte yakılması geleneğinin dinî temellerini irdelediği "İhrâk-ı Bîve Zenân-ı Der Hindistan"ı ve "Komor Adaları", Konstantini Efendi'nin "Kızıl Adalar"ı ve Mehmed Şevki'nin "Habeş Memleketi" ile "Japonya Memleketi"ni konu alan yazıları ise Tanzimat tarih ve coğrafyacılığının popüler örnekleri olmalarının yanı sıra Osmanlı yenilikçilerinin genişleyen ufuklarını belgelemeleri açısından üzerlerinde durulması gereken çalışmalardır.
Dış dünyaya bu açılışa karşılık, dergide Münif Paşa'nın "Karadağ" ve Mehmed Şevki'nin Eflak ve Boğdan'ı konu alan "Memleketeyn-i Müctemeteyn"i bir yana bırakılırsa Osmanlı tarihine ilişkin araştırmalara ise hemen hiç rastlanmamaktadır.
Mecmuanın semt monografisi nitelikli makaleleri Fardis imzalı, "İstanbul Tarihi ile Ayasofya" ve "Çemberlitaş", Konstantinidi imzalı "Ayasofya Tarihi"dir. Münif Paşa ise "Acâib-i Seb'a-yı Âlem" başlığı altında dünyanın yedi harikasını büyüteç altına almıştır. Mecmûa-yı Fünûn'da iktisat alanında yayımlanmış çoğu birkaç sayı devam eden on beş makalenin yedi tanesi yine Münif Paşa'ya aittir.
Münif Paşa ve arkadaşlarının Mecmûa-yı Fünûn'da en geniş ölçüde ele aldıkları konu, pozitif bilimlerin tanıtılması olmuştur. Fakat konuya yaklaşımları akademik olmaktan çok pragmatiktir. Popüler konulara yer vermek suretiyle yaygın bir ilgi uyandırmaya çalışmışlar, iktisat teorisi ve Türk toplumu için yeni olan jeoloji gibi dalları tanıtmışlardır. Edhem Paşa'nın "Medhâl-i İlm-i Jeoloji" başlıklı kapsamlı çalışması, mecmuanın en ayrıntılı işlenmiş incelemesidir. Cem'iyet-i İlmiye-yi Osmâniye merkezinde halka açık dersler veren Dâniş Bey'in "Kuvve-yi Elektrikiye"si, Edhem Paşa'nın "İlm-i Kimya" adlı incelemesiyle Mehmed Şevki'nin "İlm-i Hey'et"i, Hacı İskender'in "Arzın Hareket-i Yevmiyesi'nin Maddeten İsbâtı" da bu çerçevede yer almaktadırlar. Mecmûa-yı Fünûn'un her konuya açık popüler yapısı, verilen bilgilerin niteliği ve işlenişi, her yazıda hissedilen öğretme isteği ve sevinci, Münif Paşa ve arkadaşlarının kendilerini kürsüde ders anlatan bir öğretmen gibi gördüklerini ortaya koymaktadır. Sanki yeni bilgi, yöntem ve araçlarla maarifçi Tanzimatçılar'ın izlerini sürmektedirler. Münif Paşa'nın "Ehemmiyet-i Terbiye-yi Sıbyân" başlıklı makalesi bizde ilk modern pedagoji çalışması sayılmaktadır. Yine Münif Paşa'nın Dârülfünun dersleriyle ilgili yazıları eğitimin yaygınlaşması için duyulan heyecanı ve verilen mücadeleyi yansıtmaktadır. Türk dilinin kullanımında yetersiz kalan Arap harflerinin ıslahı meselesinin de enine boyunu tartışıldığı Mecmûa-yı Fünûn'da Yûsuf Kâmil Paşa'nın "Telemak Tercümesi"nin bir özetiyle J.J. Rousseau ve Bossuet gibi yazarlardan bazı çeviriler de yayımlanmıştır. Edhem Pertev'in, İstanbul'da sayıları çok artan köpeklerin toplattırılması ve öldürülmesi hakkında Şinâsi'nin Tasvîr-i Efkâr'da çıkan bir yazısına karşılık olarak köpekleri korumak amacıyla bir filozofla bir köpeği zarif esprilerle konuşturduğu "Av'ave"si de dergideki edebî açılımlar arasındadır. Mecmûa-yı Fünûn'da en uzun seriyi "Hulâsa-yı Politikiye" başlığı altında yazılmış dış politika yazıları oluşturmuştur. Mecmûa-yı Fünûn'un altıncı sayısından itibaren başlayan ve otuz bir bölüm devam eden bu yazılar imzasızdır. Ancak seriyi, Avrupa gazetelerinden ve mecmualarından yararlanarak Münif Paşa'nın yazdığı düşünülmektedir.
Mecmûa-yı Fünûn'un bugün bile ilgiyle okunabilecek olan yazıları tematik bir tasnife tâbi tutulduğunda Münif Paşa ve arkadaşlarının Osmanlı-Türk okuyucusunun önüne nasıl renkli ve zengin bir yelpaze açmaya çabaladıkları görülmektedir. Mecmuada Münif Paşa'nın elli iki, Kadri Bey'in on makalesi yayımlanmış, onları Edhem Paşa, Mehmed Şevki, Mehmed Cemil ve Halil beyler izlemişlerdir. Mecmûa-yı Fünûn'un toplam otuz iki yazarının altısını gayrimüslimler oluşturmuş, bunlardan Fardis'in dört, Aleksandır Karatodori ve Konstantinidi Efendi'nin ikişer, Ohannes Paşa, Vahan ve Kostaki efendilerin birer incelemesi yayımlanmıştır. Mecmûa-yı Fünûn'un on altı yıl sonraki Rebîülevvel 1300 (1883) nüshası yazılarının tamamıysa Münif Paşa'ya aittir.
XIX. yüzyılda Batı bilim ve teknoloji dünyasında esen kuvvetli değişim rüzgârları Osmanlı Devleti'ne Mecmûa-yı Fünûn penceresinden girmiştir. Mecmûa-yı Fünûn tam bir mektep olmuş, XIX. yüzyıl Türkiye'sinde, Grande Encyclopédie'nin XVIII. yüzyıl Fransa'sında oynadığı role benzer bir rol oynamıştır. Mecmua penceresinden sadece, giderek yaygınlaşıp 1865 yılında neredeyse yüzyıl sonra bile aşılamayacak bir yayın zenginliğine ulaşmış olan fen bilimleri ve hikmet, ilm-i servet, tarih, coğrafya, jeoloji, pedagojiye dair birtakım bilgiler değil onların bir sonucu olan "muâsır müspet görüş" ve ayrıca bilim ve felsefe dili de ülkenin kültür ortamına taşınmıştır. Münif Paşa ve arkadaşları, "Aydınlanma"nın egemen fikirleri ışığında Batı ilerlemesinin ana unsurlarını bir bir belirlemeye ve tanıtmaya koyulmuşlardır. O kadar ki mecmua her dönemde Batılılaşma yönünde atılmış büyük bir adım olarak değerlendirilecek ve yüzyılın sonuna kadar boşluğu doldurulamayacaktır. Mecmûa-yı Fünûn sadece devir neslinin fikir yapısı üzerinde kalıcı etkiler bırakmamış, bir kültür ocağı olarak sonraki yıllarda da tesirini devam ettirmiştir. Mecmua yazarları bilimsel düşünceyi dinî meselelerden ve günlük politikalardan uzak tutmaya çalışan özerk bir yaklaşımı yerleştirmeye uğraşırken cesurca el attıkları toplumsal konularla medrese dışındaki en ciddi muhalefeti de meydana getirmişlerdir.