İstanbul’da doğdu. Sadettin Nüzhet Ergun kendisinden İstanbullu Mehmed olarak söz eder. Küçük yaşta saraya alındı ve Enderun’da yetişti. Burada sesinin güzelliğiyle dikkati çekerek Enderûn-ı Hümâyun müezzinleri arasına girdi. Sonraları padişah huzurunda icra edilen küme fasıllarının hânendeleri içerisinde yer aldı. II. Mustafa’nın tahta geçmesi üzerine (1695) önce musâhib-i şehriyârî oldu, ardından Anadolu muhasebeciliğine tayin edildi (1107/1695). Mehmed Efendi’nin II. Mustafa ile beraber Edirne sarayında bulunduğu bir sırada Sadrazam Amcazâde Hüseyin Paşa’nın kendisini padişaha şikâyet etmesi yüzünden saraydan uzaklaştırıldı. Anadolu muhasebeciliğinden de azledilen Mehmed Efendi İstanbul’a gönderildi ve evinde ikamete mecbur edildi. Bundan sonraki hayatını da mûsiki toplantılarının saygın bir kişisi olarak devam ettirdi ve Edirne’de vefat etti. Rindmeşrep ve hoşsohbet bir kişi olarak İstanbul’da ve Edirne’de tanınan Mehmed Efendi II. Mustafa devrinde (1695-1703) şöhret kazanmıştır. Dönemin şairlerinden Arpaeminizâde Mustafa Sâmi Efendi onun vefatı münasebetiyle yazdığı tarihte Mehmed Efendi’nin özelliklerini sanatkârane bir dille ifade etmiştir.
Parlak sesi ve ustaca okuyuşuyla döneminin üslûp sahibi bir hânendesi olarak tanınan Mehmed Efendi, Enderun’da aldığı ilk mûsiki bilgilerini devrinin diğer mûsiki üstatlarının dersleriyle pekiştirerek kendini yetiştirmiş, nazarî mûsiki bilgisinin çok kuvvetli olmamasına rağmen zamanın bestekârları arasında yer edinmiştir. Dimitrie Cantemir, dönemin ünlü mûsikişinaslarından Kasımpaşalı Koca Osman’ın talebelerinden bahsederken hânendeler arasında Mehmed Efendi’yi de sayar. Râşid, Târih’inde ondan mûsiki ilminde ikinci hoca (hâce-i sânî) ve büyük kâr üstadı olarak söz eder. Mehmed Efendi, birtakım dinî eserler de bestelemesine rağmen daha çok din dışı sahadaki eserleriyle bilinmektedir. Ebûishakzâde Esad Efendi Atrabü’l-âsâr’ında onun on beş civarında bestesi olduğunu kaydeder. El yazması güfte mecmualarında bazı eserlerine rastlanmaktaysa da Yılmaz Öztuna onun beste ve semâi formunda sadece üç eserinin zamanımıza ulaştığını söyler.