Hususi mektep (özel okul) her ne kadar Tanzimat döneminde kullanılmaya başlanan bir kavram olsa da konunun gayrimüslimler tarafında olduğundan çok daha öncelerden başlayan bir tarihi vardır. Osmanlı Devleti başlangıçtan itibaren gayrimüslimlere, İstanbul'un fethinden sonra da yabancılara kendi okullarını açabilme ve serbestçe eğitim yapabilme imkânını vermiştir.
Tanzimat döneminde kendilerine tanınan imtiyazlardan yararlanan gayrimüslim ve yabancılar eğitimde önemli mesafeler almıştır. 1856'da Islahat Fermanı ile gayrimüslimlere ve yabancılara kendi dillerine ve kültürlerine dönük ilk, orta ve yüksek derecede okullar açma fırsatı verilmiştir. Gayrimüslim ve yabancılar Osmanlı Devleti topraklarında açmış oldukları okullarla ulaşmak istedikleri gaye dinî nitelik yanında, bu bölgelerde söz sahibi olmak idealini taşımıştır.
1 Eylül 1869 tarihli Maârif-i Umûmiye Nizamnamesi, Osmanlı eğitim sisteminin hukukî temellerini belirlemesi açısından önemli bir düzenlemedir. Bu nizamname ile Mekâtib-i Husûsiye müslümanlara ait olanlar ve gayrimüslimlere ait olanlar şeklinde ikiye ayrılmıştır. Mekâtib-i gayrimüslime; ilki cemaatler ve patrikhane tarafından kurulan azınlık okulları, ikincisi kişilerin kurduğu eşhas mektepleri ve üçüncüsü kapitülasyonlara dayalı olarak kurulan ecnebi yani yabancı okullar olmak üzere üç kısımdır. Diğer farklı bir kullanım da mekâtib-i gayriresmiye ifadesidir. Bu kullanım söz konusu okulların devlet tarafından açılmadığını ifade etmektedir. Osmanlı Devleti'nde resmî olmayan özel okullar, özel İslam mektepleri, gayrimüslim mektepleri ve yabancı mektepler olmak üzere üç kısımda ele alınmıştır.
Türk ve müslümanlar tarafından açılan ilk özel okul Darüşşafaka Mektebi'dir. Bu okul, 1864'te Cem'iyet-i Tedrîsiye-i İslâmiye'nin başlattığı eğitim hizmeti girişimine dayanmaktadır. 1873'ten sonra müslüman özel okullarının oluşumunda önemli etken Avrupaî tarzda açılan devlet okullarının yetersizliğinin yanı sıra halkın yabancı ve gayrimüslim okullarda verilen Batılı eğitime ilgisinin artmasıdır. Bu etki sadece İstanbul ile sınırlı kalmamış taşrada da kendini göstermiştir. Özellikle II. Abdülhamid döneminde vilayetlerde hızlı bir okullaşmaya gidilmiştir. 1880'li yıllarda vilayet maarif idareleri kurulmaya başlanmış ve taşrada yabancı hususi mekteplerle mücadele edilmesi için yeni müslüman okullarının açılması teşvik edilmiştir.
1907-1908'de Osmanlı Devleti'nde İstanbul ve taşrada 13.212 mektepte 639.836 öğrenci eğitim görmektedir. Osmanlı Devleti'nde 2948'i gayrimüslim mektebi ve 297'si ise ecnebi mektebi olmak üzere 3245 yabancı okul bulunmaktadır. Bu yabancı okullarda 163.027'si gayrimüslim ve 34.498'i ecnebi okullarında olmak üzere toplam 197.525 öğrenci eğitim görmektedir. 9967 müslüman okulunda ise 442.311 öğrenci eğitim almaktadır. Bu veriler II. Abdülhamid döneminde müslüman çocukların gayrimüslim ve ecnebi okullarına gitmemesi için alınan her türlü tedbire rağmen neredeyse ülkede eğitim gören üç öğrenciden birinin yabancı okullara gitmeye devam ettiğini göstermektedir.
20 Mayıs 1909 tarihli Hususi Mektepler Kanun Taslağı ve Gerekçe Mazbatası ve 22 Eylül 1915 tarihli Mekâtib-i Husûsiye Talimatnamesi yabancı ve gayrimüslim okullarını denetlemek ve kontrol etmek amacını yansıtmaktadır. Bu hukukî yapı ve özel okul açmak için gereken şartlar, ruhsat alma ve kurallar fark gözetilmeden Mekâtib-i Husûsiye-yi İslâmiye/Osmânî için de geçerli olmuştur. Devletin amacı her ne kadar özellikle gayrimüslim ve yabancı okulların denetim ve teftişini sağlamak olsa da nizamname, talimat ve yasalar kapsayıcı olmuştur. Osmanlı Devleti yabancı ve gayrimüslim okullarında denetimi özel şartlarda ilk defa 1915 yılında Mekâtib-i Husûsiye Talimatnamesi ile sağlayabilmiştir.
Özel okullar tarihi için Selanik çok önemli bir merkez olmuştur. Selanik'te ilk özel okulun Şemsi Efendi tarafından 1873 yılında açıldığı kabul edilmektedir. Terakkî Mektebi'nin resmî kuruluşu 2 Ağustos 1877 tarihi iken Feyz-i Sıbyân adıyla açılan Feyziye Mektebi 14 Aralık 1885'te kurulmuştur.
Selanik'in yanında İzmir, Bursa, Beyrut gibi şehirlerde de çok sayıda hususi mektep açılmıştır. Ancak en çok okulun açıldığı yer kuşkusuz İstanbul olmuştur. 1876'da Şemsülmaârif, 1877'de Tedrîsiye-yi Hayriye (1880'de Mekteb-i Osmânî), Medrese-yi Hayriye (1884'te Mekteb-i Edebiye) açılmıştır. 1880'de Halîle-yi Mahmûdiye, 1882'de Dârülfeyz-i Hamîdî Mektebi ve Mekteb-i Hamîdî, 1883'te Dârüttâlim Mektebi, 1884'te Numûne-yi Terakkî ve Meşrik-i Füyûzât önde gelen ve diğerlerine göre daha yaygın hususi mektepler olmuştur.
Gayrimüslim ve yabancı hususi mekteplerin yaygın etkisine karşın müslüman hususi mekteplerine yönelik devlet tarafından teşvikler ve ayrıcalıklar verilmiştir. Aydın, Beyrut, Edirne, Halep, Hudâvendigar, Konya, Kosova, Manastır, Selanik, Trabzon ve Trablusgarp vilayetlerinde müslüman hususi mektepleri açılmış, bu okulların sayısı 1907'de yirmi bire, 1912 yılında elliye ulaşmıştır.
Müslüman özel okullarının kuruluş gayesi, çocukları öncelikle dinî ve ahlakî bakımdan ideal müslümanlar olarak yetiştirmektir. Bu dönemde yabancı okulların her türlü faaliyetine karşı rekabet de ön plandadır. II. Abdülhamid döneminde itibaren okulların millî bilince dair bilgi vermesi de söz konusudur. Hususi okullar büyük ölçüde paralı olduğundan, daha fazla talebe temin edebilmek için çağın yeniliklerine ayak uydurmada, yeni ders araç gereçleri ve eğitim materyalleri temin etmede hayli hızlı oldukları söylenebilir. Bunun yanında, söz konusu yenilikleri yaygın bir şekilde kullanmak yerine daha çok gösteriş, reklam ve tanıtım amaçlı ön plana çıkardıklarına dair izlenimler de vardır. Hususi mektepler devletten destek alabilmek ya da vergi sorumluluğundan kurtulabilmek için farklı stratejiler geliştirmişlerdir. Bunun yanında, yabancı dil eğitimi, meslek öğretimi gibi ilgi çeken faaliyetleri sayesinde devlet okullarıyla yarışan hatta geçen hususi mektepler de ortaya çıkmıştır. Hususi mektepler, yetenekli, çalışkan birçok devlet adamı, sanatçı, memur vb. insanın yetişmesine imkân sağladığı gibi, özellikle yabancı okullardan ayrılıkçı fikirlere sahip, kendi etnik ve dinî topluluğunun devletten kopmasına öncülük eden kişiler de çıkmıştır.
Cumhuriyet'in ilanından kısa bir süre sonra 3 Mart 1924'te Tevhîd-i Tedrisat Kanunu ile memleketteki bütün okullar idare ve program bakımından Maarif Vekâleti'ne bağlı hale getirilmiştir. Böylece Tanzimat'tan beri eğitimde devam eden idarî ve pedagojik dağınıklığın önüne geçilmek istenmiştir. Her derece ve kademedeki bütün resmî ve özel eğitim müesseselerı Maarif Vekâleti'ne bağlanmış olsa da yabancı okulların imtiyaz alanı ve kazanımlarının devam ettiği söylenebilir. Buna karşın müslüman hususi mekteplerinin büyük ölçüde sonu gelmiştir.
Cumhuriyet döneminde gayrimüslim okulları yerine "azınlık (cemaat, ekalliyet) mektepleri ve yabancı (ecnebi) mektepler" kavramları kullanılmaya başlanmıştır. Azınlık ve yabancı mekteplere, Lozan Anlaşması'nın ilgili hükümleri gereği eğitim faaliyetlerine özel okul statüsünde devam etmelerine izin verilmiştir. Eğitimde istenilen ve hedeflenen sistem dışında alternatif bir eğitim kurumu haline gelmemeleri için tedbirler alınmıştır. Hususi okullara yönelik 1924 Tamimi, 1925 Genelgesi ve 1926 Teşkilat Kanunu'nda istenmeyen faaliyetlerin önüne geçmek için gerekli düzenlemeler ayrıntılı olarak yapılmıştır. 7 Kasım 1935 tarihli Yabancı Okullar Yönergesi ile mevcut okullar dışında, yeniden şube ve sınıf açılmasına izin verilmediği gibi okulların genişletilmesi de yasaklanmıştır. Böylece özel okul statüsündeki azınlık ve yabancı mekteplerin faaliyet ve etki alanları kısıtlanarak çok büyük oranda sınırlandırılmıştır.
Diğer yandan özel teşebbüsün eğitime katkı ve desteği ile devlet denetimi ve kontrolünde yabancı ve azınlık okullarının alternatif olarak millî özel eğitim kurumların tesis edilmesi için 31 Ocak 1928'de Türk Maarif Cemiyeti kurulmuş ve 1946 yılından itibaren, "Türk Eğitim Derneği" adını almıştır. Bu dernek çok sayıda okul açarak faaliyetlerini sürdürmüştür.
1923'ten 1950'ye kadar Türkiye'deki hususi mektep statüsündeki azınlık ve yabancı okul sayısı azalmışsa da Türk özel okullarının sayısı artmamıştır. Bunda yeni rejimin, eğitim işini devletin aslî görevi görerek devlet eliyle yürütmeyi tercih etmesi ve yatırımını resmî okullara yapması yanında, devletçilik ilkesi gereği özel teşebbüsü (devlet eliyle ve kontrolünde kurulan özel okullar hariç) özel okul açmaya teşvik etmemesi önemli rol oynamıştır.
1960'lara kadar özel okullar devlet kontrolünde sınırlı bir şekilde gelişmeye devam ederken bu tarihten itibaren yeni gelişmeler başlamış ve 1980'lerden sonra bu süreç özel okullar lehine hızlanmıştır. 1985'ten sonra çıkarılan kanun ve yönetmeliklerle özel okulların önündeki engellerin büyük bir kısmı kaldırılmıştır.
2003 yılında özel okulların genel eğitim içerisinde payı yüzde % 2'inin altında iken, 2021 yılında mevcut 67.125 okuldan 13.501'i özel okul statüsünde eğitim vermeye başlamıştır. Devletçe teşvik edilen ve her geçen gün rağbet gören ve sayıları artan özel okulların genel eğitim içerisinde payı % 20'ye ulaşmıştır.