Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'de derslerin Fransızca okutulması Türk hekim sayısının artmasını engelliyordu. Okula alınan öğrencilerin Fransızca bilmesi istendiğinden Türk öğrencilerin sayısı azdı. 1855 yılında mezun olan yedi kişinin, 1856 yılında diploma alan dokuz kişinin biri Türk'tü. Türk hekimlerin çoğalması eğitimin Türkçe yapılması ile mümkündü. Fakat Türkçe tıp kitabı yok denecek kadar azdı. Bu öğretimin Türkçe yapılıp yapılamayacağı tartışmaları başladı. Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne Nazırı Cemâleddin Efendi, Türkçe'ye kitap tercüme edilebilmesi için öğrencilerin çok iyi Arapça, Farsça ve Türkçe bilmeleri gerektiğini düşünüp bir "mümtaz sınıf" açtı (1856/57). Muallim olarak da dönemin vak'anüvisi Ahmed Lutfi Efendi'yi (1817-1907) tayin etti. 1859'da nazırlığa getirilen Hayrullah Efendi bu sınıfı lağvetti. Ama bu sınıfa devam eden Kırımlı Aziz İdris (1839-1878), Vâhid, Hüseyin Remzi (1839-1898), Servet, Nedim, İbrâhim Lutfi (1838-1902), Bekir Sıdkı gibi öğrenciler o yıllara kadar yayımlanmış olan Türkçe tıp kitaplarını incelemeyi sürdürdüler. Tıp biliminin Türkçe ile de anlatılabileceğine kanaat getirince, eğitim dilinin Fransızca'dan Türkçe'ye çevrilmesi için örgütlü bir mücadele yürütmek amacıyla Cem'iyet-i İlmiye-yi Tıbbiye (sonraları Cem'iyet-i Tıbbiye-yi Osmâniye) adıyla gayriresmî bir cemiyet kurdular (1862). Fransızca tıp kitaplarını Türkçe'ye çevirmeye başladılar. Derslerin Türkçe okutulmasına karşı çıkan yabancı hocaların keskin muhalefeti yüzünden Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'de Türkçe eğitime geçmenin mümkün olmadığını anladılar. Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne Nazırı Sâlih Efendi'nin (1816-1895) girişimi Kırımlı Aziz Bey ve arkadaşlarının ısrarlı çalışmaları sonunda; sivil hekim ve eczacı yetiştirmek üzere derslerin Türkçe okutulacağı, "Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye" adıyla bir okul açılması için irade çıktı. Gazetelere gönderilen açıklamalarla, Mart 1867'de açılacak okula rüştiye mezunu veya o derecede bilgi sahibi olan öğrencilerin alınacağı, hekim olacaklara beş yıl, eczacı olacaklara ise üç yıl tahsil sonunda diploma verileceği duyuruldu. Öğrencilerin taşralı olması tercih ediliyordu. Mezun olanlar memleketlerine tayin edileceklerdi.
Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'nin bir köşesinde, elli öğrenci ile eğitime başlayan bu yeni tıp okuluna rağbeti arttırmak amacıyla vilayetlerden gelecek öğrencilere bazı ayrıcalıklar tanındı. Mezunları askerlik yapmayacak, binbaşılığa denk düşen sivil rütbe-yi sâlise ile memleket tabibi olarak atanacak ve beş yıl mecburi hizmet yapacaklardı. Okul on altı-yirmi beş yaş aralığındaki müslim ve gayrımüslim gençlerden gündüzlü-sivil öğrenci alıyordu. İlk üç sınıf Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne binasındaydı. Dört ve beşinci sınıf öğrencileri klinik dersleri Bezmiâlem Valide Sultan Gureba Hastanesi'nde görüyorlardı. Eğitim hicrî takvime göre her yıl 10 Şevval'de başlıyor, 1 Recep'de son buluyordu. Ders programları Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'nin ders programlarına göre düzenleniyordu. Ancak mezun olduklarında Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne öğrencileri gibi staj yapmıyorlardı.
Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye 1880 yılında Vekâyi-i Tıbbiye adıyla bir dergi yayımlamaya başladı. Okul matbaasında basılan dergi, hocaların ve dönemin tanınmış hekimlerinin makalelerini ve vaka takdimlerini içeriyordu. Ayrıca okulun öğrencilerinin mezuniyet tezleri tefrika edilir, her öğretim yılı sonunda mezun olan hekimlerin ve eczacıların isimleri bu dergide ilan edilirdi. 1880 yılında dokuz hekim ile üç eczacı, 1886'da on sekiz hekim ile iki eczacı, 1887'de on dokuz hekim ile beş eczacı, 1888'de otuz iki hekim iledört eczacı mezun oldu.
Okula rağbet artınca; ulûm-ı riyâziye (matematik), kitabet (kompozisyon), coğrafya gibi lise derslerine mahsus bir sınıf-ı idâdî (idâdî/lise sınıfı) eklenip eğitim süresi yedi yıla çıkarıldı. 1871-1872 yıllarında yapılan duyurularda, okulun yedi senede tabip, dört senede eczacı diploması vereceği vurgulandı. Beş yıl öğrenim görmek üzere okula kaydolan ilk öğrenciler, bir sene klinik derslere devam ettirildikten sonra mezun edildiler.
Öğrenci sayısı 200'ü geçince Ahırkapı'da eskiden hastane olarak kullanılmakta olan bina onarılıp bahçesine yeni bir bina inşa edildikten sonra Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'ye tahsis edildi (1874). Sivil idâdîlerin çoğalması üzerine Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye İdadisi lağvedildi ve idâdî diploması olanlar kabul edilmeye başlandı (1881).
1877 yılında Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'de tıp eğitimi sekiz seneydi. İlk altı sene teorik derslere son iki sene klinik eğitime ayrılmıştı. Bütün sınıflarda Fransızca dersleri vardı. Okulun kırk dört yataklı kliniği son sınıf öğrencilerinin pratik eğitimlerinde yetersiz kalıyordu. Bu sebeple öğrencilerin uygun görülen hastanelerde bir sene staj yaptıktan sonra tayin edilmesi usulü benimsendi (1882).
Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'den yetişen hekimlerden büyük fayda görülmesi üzerine okulun genişletilmesi ve geliştirilmesi amacıyla Kadırga'daki Menemenli Mustafa Paşa Konağı satın alındı (1892). Donanımı tamamlandıktan sonra okul taşındı ve II. Abdülhamid'in cülus günü olan 30 Ağustos 1893 tarihinde düzenlenen törenle faaliyete geçti.
Okulun idaresi önceleri Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne Nezareti'ne bağlıyken 1879 yılında bilimsel yönetimi Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne Nezareti'nde kalmak üzere idarî bakımdan Maarif Nezareti'ne bağlandı. 1889 yılında okulun malî idaresi Maarif Nezareti'nde kalmak üzere bilimsel konularda yine Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne Nezareti'ne bağlandı.
16 Nisan 1888 tarihli, Memleket Etıbbası ve Eczacıları Hakkında Nizamname (10 ve 22. maddeler) uyarınca, askerlikten muaf olan Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye mezunu sivil hekimler ve eczacıların, kazalarda iki sene memleket eczacılığı yapma mecburiyetleri vardı. Zamanla mezun olan İstanbullu hekimler, memleket tabipliğine atanma mecburiyetinin taşralılar için olduğunu ileri sürerek tayin edildikleri memleket tabipliklerine gitmemeye başladılar. Bunu önlemek amacıyla Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'ye kaydolan İstanbullu öğrencilerden, diploma aldıktan sonra tayin edilecekleri taşra memleket tabipliğini kabul edeceklerine dair senet alınması için irade çıktı. Senedin hükümlerine uymayanların diplomalarının geri alınması, taşralı talebeden teklif edilen memuriyeti kabul etmeyenlerin okulda bulundukları her sene için 20 altın ödemeye mecbur tutulmaları da iradenin hükümlerindendi.
1888 yılında Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'de sivil baytar yetiştirmek üzere dört yıllık bir "baytar sınıfı" açıldı. Baytar sınıfı ilk mezunlarını verdikten sonra "Baytar Mekteb-i Âlîsi" adını alarak 1894 yılında Selimiye'ye taşındı (bk. Mülkiye Baytar Mektebi).
Zamanla okuldaki gayrımüslim öğrenci sayısı arttı, müslüman öğrenciler azınlıkta kaldı. Bunun üzerine 1897'den itibaren ikinci sınıf programına ilm-i fıkıh (şeriat usul ve hükümleri) ve iki sene sonra da bütün sınıflara ilm-i akait (inançlar ilmi) dersi kondu. Daha sonra lise mezunları, Kuleli'deki Tıbbiye İdâdîsi programına göre imtihan edilip kabul edilmeye başlandı.
II. Meşrutiyet'in ilanından sonra, o sırada Gülhane Serîriyat Hastanesi ve Tatbikat Mektebi müdürü olan Wieting Paşa eğitimin iyileştirilmesi hakkında hazırladığı raporunda, askerî hekim yetiştiren Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne ile sivil hekim yetiştiren Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'nin birleştirilmesini ve Maarif Nezareti'ne bağlanmasını tavsiye etti. II. Meşrutiyet'le başlayan yeniden yapılanma sürecinde konu ciddi bir biçimde gündeme geldi. Maarif nazırı 9 Ağustos 1908'de sadarete bir yazı göndererek, İstanbul'da ve Şam'da bulunan sivil tıp okullarının Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'den ayrılıp Maarif Nezareti'ne bağlandığını bildirdi. Şûra-yı Devlet'in onayından sonra Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'nin ce'miyet-i muallimîni (profesörler kurulu), 18 Kasım 1908 günü yaptığı ilk toplantıda okula, Dârülfünun'un bir şubesi olarak "Tıp Fakültesi" adını verdi. Müşir Cemil Paşa reis (dekan) tayin edildi, yeni eğitim kadrosu hazırlandı ve eğitimin 21 Kasım 1908 Cumartesi günü başlaması kararlaştırıldı. Maarif Nezareti 30 Aralık 1908 tarihinde Şûra-yı Devlet'e Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'nin idarî ve bilimsel bakımdan Maarif Nezareti'ne bağlandığını bildirdi.
Ce'miyet-i muallimîn 6 Aralık 1908 günlü oturumunda Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne ile birleşme kararı alarak bunu Maârif-i Umûmiye Nezareti'ne bildirdi. Ardından 13 Eylül 1909 tarihli irade ile Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne, müdüriyet derecesine indirildi. Ertesi gün Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'nin bütçesi Maârif-i Umûmiye Nezareti'ne nakledilince sivil ve askerî tıp okulları resmen Osmanlı Dârülfünunu Tıp Fakültesi adı altında birleşmiş oldu. Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye'deki eczacı sınıfı ile Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'deki eczacı sınıfı da "Eczacı Mekteb-i Âlîsi" adıyla birleştirildi. Bu okul daha sonra İstanbul Üniversitesi Eczacılık Fakültesi'ne dönüştü.