Siriderya nehrinin güneyindeki küçük ırmaklardan Mergilân-Say’ın kıyısında muhtemelen IX. yüzyılın sonlarında kurulmuştur; nüfusu 150.000’dir (2004). IV. (X.) yüzyılda Fergana havzasının Nesyâ es-süflâ (Aşağı Nesyâ) bölgesindeki en önemli şehirlerden biri olan Mergīnân (bugün Mergilân), aynı yüzyıl coğrafyacılarından Muhammed b. Ahmed el-Makdisî tarafından camisi çarşıdan uzak küçük bir şehir olarak tanıtılır. V. (XI.) yüzyıldan itibaren önem kazanmaya başlayan Mergīnân ilk Sâmânî sikkelerinin basıldığı yer olarak bilinmektedir. Burada Doğu Karahanlı hükümdarlarından Tuğrul Karahan Mahmud ile oğlu Tuğrul Tegin Ömer de sikke bastırmıştır. VI. (XII.) yüzyılda yaşayan Abdülkerîm b. Muhammed es-Sem‘ânî ve VII. (XIII.) yüzyılda yaşayan Yâkūt el-Hamevî de kendi dönemlerinde Mergīnân’ın Fergana havzasının en ünlü şehirlerinden biri olduğunu söylemektedir. Bâbürlü hânedanının kurucusu ve ilk hükümdarı Bâbür ise (1526-1530) Mergīnân’ı Endican’ın güneybatısında ürünü bereketli, nar ve eriği fevkalâde güzel, avı ve kuşu bol bir şehir olarak tanıtır (Vekāyi‘, I, 2-3). Daha sonraki kaynaklarda Mergīnân’ın Mergīlân imlâsıyla yazıldığı görülmekte ve bu değişikliğin bölgede oturan Tacikler’in üzerine Özbekler’in gelmesiyle ortaya çıktığı sanılmaktadır (İA, VII, 760). Mergīnân Moğollar’ın, Timurlular’ın, Şeybânîler’in, Hocalar’ın ve 1711 yılından itibaren Hokand Hanlığı’nın hâkimiyetinde kaldı; Hokand Hanlığı döneminde ipek ve pamuk üretimiyle meşhur oldu.
Buhara’da hüküm süren Mangıt hânedanından Muzaffereddin Han (1860-1885) tahta çıktığında Ruslar’ın teşvikiyle Mergīnân’ı Hokand Hanlığı’ndan aldı; ancak şehir daha sonra Ruslar tarafından herhangi bir direnişle karşılaşmadan işgal edildi (Eylül 1875). Ruslar’ın kuklası Hokand Hanı Nasreddin’e karşı halkın han seçtiği Polat Bey isyan ettiğinde ayaklanmayı kanlı bir biçimde bastıran Rus kumandanı Skobelev (8 Şubat 1876) esir aldığı Polat Bey’i Mergīnân’da idam ettirdi. 1877’de Mergīnân’ın yaklaşık 12 km. güneyine Yeni Mergilân şehri kuruldu ve 1907’den 1924’e kadar Skobelev adıyla anıldı. 1885 ve 1898 isyanlarında önemli merkezlerden biri olan Mergīnân, bütün Türkistan’ı Rus istilâsından kurtarmak amacıyla başlatılan Basmacı Hareketi sırasında da öne çıktı ve Ruslar’la Ermeniler’den teşekkül eden Sovyet ordusu tarafından 7000 kişisi öldürüldükten sonra Türkistan Özerk Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti’ne bağlandı (1918). 1924’te Mergīnân şehri Mergilân ve Yeni Mergilân da Fergana adıyla Özbek Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti sınırları içinde kaldı; her ikisi de halen, 1991’de Sovyetler Birliği’nden bağımsızlığını kazanan Özbekistan’ın başlıca şehirlerindendir.
Ortaçağ’da el dokuması kumaşları ile şöhret kazanmış olan Mergīnân şehri bugün de ipek sanayiinden dolayı önem taşımaktadır. Ortaçağ’da Mergīnânî nisbesiyle anılan pek çok âlim ve özellikle Hanefî fakihi yetişmiştir. Bunlar arasında Burhâneddin el-Mergīnânî, Ali b. Abdülazîz el-Mergīnânî, Burhâneddin el-Buhârî, Nizâmeddin el-Mergīnânî, Zeynüddin el-Mergīnânî ve Hasan b. Ali el-Mergīnânî’nin adları zikredilebilir.