İstanbul’da doğdu. Suyolcuzâde onun Gülzâr-ı Savâb müellifi Nefeszâde Seyyid İbrâhim Efendi’nin oğlu olduğunu yazarsa da Müstakimzâde aralarında sadece akrabalık ilişkisi bulunduğunu belirtmektedir. Aklâm-ı sitteyi Hâlid Erzurûmî’den meşkedip icâzet alan Nefeszâde, Şeyh Hamdullah tavrının zamanındaki yegâne temsilcisiydi. Bundan dolayı Suyolcuzâde Mustafa Eyyûbî’den hat öğrenimini tamamlayıp icâzet alan meşhur hattat Hâfız Osman, Şeyh Hamdullah tavrına merak sarınca yeni baştan Nefeszâde’ye devam etmeye başlamış ve kendi üslûbunu bu birikimin üstüne kurmuştur. Müstakimzâde, Nefeszâde’nin karnının büyük olmayıp da yazı altlığını dizinin üstüne rahatlıkla yerleştirebilseydi hattının Şeyh Hamdullah’ınkinden ayırt edilemeyeceğini belirtir. 1090’da (1679) vefat eden Nefeszâde’nin kabri bilinmemektedir. Nefeszâde’nin zamanımıza ulaşan eserleri arasında nesih hattıyla üç mushaf (Türkpetrol Vakfı Ktp., nr. 65, 173; Sakıp Sabancı Müzesi, nr. 261), bir mushaf cüzü (1. cüz, Hâfız Osman’la müşterek, TSMK, Emanet Hazinesi, nr. 427) ve sülüs-nesih meşki (Kubbealtı Akademisi Kültür ve Sanat Vakfı, Ekrem Hakkı Ayverdi hat koleksiyonu) tesbit edilebilmiştir. Nefeszâde’nin talebeleri arasında Âhenî Mehmed Çelebi, Ahmed Nâdî, Bedâvîzâde Süleyman, Eyyûbzâde Mehmed, Hüseyin Can, Mehmed Enis, Mehmed Selim, Muhammed Sırrüddin Mısrî, Mîr Mehmed b. Hüseyin Paşa, Mehmed Şevki, Mehmed Küçükçelebi, Muhammed el-Hâfız, Mustafa Nigâhî, Şeyh Mehmed Şühûdî ve Şeyh Osman Nâyî (Mi‘râciyye sahibi) sayılabilir.