1115’te (1703) doğdu. Osmanlı ulemâsından Yenişehirli Şerif Efendi’nin oğlu ve Şeyhülislâm Çatalcalı Ali Efendi’nin kızı tarafından torunudur. Babası Şerif Efendi’nin Bursa kadılığından mâzulen 1121’de (1709) vefatından sonra annesi Kazasker Kevâkibîzâde Veliyyüddin Efendi ile, kendisi de üvey babasının kızıyla evlendi. Tahsilini tamamlayarak 1133’te (1721) müderris oldu. 1159’da (1746) Âmid (Diyarbekir) kadılığına tayin edildi. Bir süre Bursa ve ardından Mekke kadılığı pâyesi aldı ve nakîbüleşraflık görevine getirildi. Muharrem 1170’te (Ekim 1756) İstanbul kadısı oldu. Muharrem 1180’de (Haziran 1766) Anadolu kazaskerliğine tayin edildi, 16 Ramazan 1183’te (13 Ocak 1770) Rumeli kazaskerliğine getirildi, ancak birkaç ay sonra azledildi.
1 Cemâziyelâhir 1187’de (20 Ağustos 1773) Mirzazâde Mehmed Said Efendi’nin istifası üzerine III. Mustafa tarafından şeyhülislâmlığa tayin edildi. İstanbul kadısı olmadan önce üstlendiği nakîbüleşraflık görevini şeyhülislâm oluncaya kadar sürdürdü. Ancak bu iki görevin bir arada yürütülmesi âdet olmadığından şeyhülislâmlığında nakîbüleşraflık ikinci defa Seyyid İbrâhim Efendi’ye verildi. Mehmed Şerif Efendi, altı buçuk ay kadar şeyhülislâmlık yaptıktan sonra III. Mustafa’nın vefatı üzerine tahta geçen I. Abdülhamid tarafından 15 Zilhicce 1187’de (27 Şubat 1774) azledilerek yerine üçüncü defa Dürrîzâde Mustafa Efendi getirildi. Azlini müteakip altı yıl evinde ikamet eden Mehmed Şerif Efendi 16 Zilhicce 1193’te (25 Aralık 1779) vefat etti. Mezarı Eyüp’te, Eyüp İskelesi’nden Bostan İskelesi’ne giden yolun solunda Boyacı sokakta (Sultan Reşad caddesinde) Hüsnü Paşa Türbesi yanında ve Çivizâde Muhyiddin Mehmed Efendi’nin mezarı civarındadır. Şerifzâde sofası olarak adlandırılan bu mevkide daha sonra Canan Hanım Türbesi yapılmıştır (Haskan, I, 181).
Seyyid Mehmed Şerif Efendi, İstanbul kadılığı ve nakîbüleşraflık görevlerinde bulunduğu dönemde dedesi Çatalcalı Ali Efendi’nin şeyhülislâmlığı esnasında verdiği fetvaları bir araya getirerek temize çekmiş ve Mecmûatü’l-aliyye fi’l-fıkhi’l-Hanefiyye adıyla müstakil bir eser haline getirmiştir. Fetâvâ-yı Ali Efendi adıyla baskıları yapılan (İstanbul 1245, 1258) ve çok sayıda yazma nüshası bulunan eserin girişinde dedesinin fetvalarının haleflerinin güvenini kazandığını ve uygulamada esas alındığını, ancak dedesi tertip ederek temize çekmeden vefat ettiği için bu işi kendisinin yaptığını söyler. Mecmuanın İstanbul Müftülüğü Kütüphanesi’nde bulunan yazma nüshasının (nr. 137-139) ilk ve son sayfalarında yer alan kayıtlardan eserin Seyyid Mehmed Efendi’nin kızı Şerife Fâtıma Hanım bint Hatice Hanım tarafından fetvahâneye vakfedildiği anlaşılmaktadır (Özen, III/5 [2005], s. 369-370). Bursalı Mehmed Tâhir, Mehmed Şerif Efendi’ye ait fetvaların Fetâvâ-yı Şerifzâde adıyla toplandığını söylerse de (Osmanlı Müellifleri, II, 61) diğer kaynaklarda böyle bir kaydın yer almaması, Mehmed Şerif Efendi’nin dedesine ait fetvaları derlediği mecmuanın yanlışlıkla kendisine nisbet edilmiş olduğunu düşündürmektedir. Mehmed Şerif Efendi’nin ta‘lik hattında maharet sahibi olduğu ve bu hattı Kâtibzâde Mehmed Refî Efendi’den öğrendiği belirtilir.