Tacikistan kadim ve zengin bir coğrafya üzerinde kurulmuştur. Milattan önce XIII. yüzyıldan itibaren Soğd, Hârizm toplulukları Ahamenîler, Makedonyalılar, Baktrialılar ve Toharlar yaşadı. Müslüman Arap orduları doğuya doğru harekete geçtiklerinde, bu bölgede Türgişler ve Karluklar vardı. Müslümanlar İran topraklarından sonra 652 yılında Herat'ı ve 653'te Belh (Baktria) bölgesini fethetti. Buhara ve çevresi ise 674 yılında alındı.
XIX. yüzyılda bütün dünyada ortaya çıkan eğitimdeki yenileşme çabaları Mâverâünnehir bölgesinde Hanlıklar döneminin sonlarında gündeme geldi. XIX. yüzyıl sonunda Türkistan'daki Hanlıklar Rus Çarlığı tarafından işgal edildikten sonra eğitim alanında Rus dili öne çıktı. 1921 yılından itibaren Türkistan coğrafyasında Sovyet Cumhuriyetleri kurulduktan sonra, her kademede eğitim reformu yapıldı. Okullaşma oranını yükseltmek için iddialı planlamalar yapıldı.
1924 yılında Tacikistan'da üniversite açma girişimleri oldu. Duşanbe'de Pedagoji Üniversitesi ve Devlet Ziraat Üniversitesi'nin şubeleri açıldı. 1 Eylül 1948 tarihinde faaliyete başlayan ve ilk açıldığında Jeoloji Fakültesi, Biyoloji Fakültesi, Tarih ve Filoloji Fakültesi, Fizik ve Matematik Fakültesi olmak üzere dört fakülteden oluşan Tacikistan Devlet Üniversitesi, ülkede eğitim, ekonomi, kültür, bilim, siyasî ve sosyal yaşamın gelişmesinde önemli roller üstlendi.
15 Şubat 1997 tarihinde üniversitenin adı Tacikistan Ulusal Devlet Üniversitesi olarak değiştirildi. 2008'de ise yeniden Tacikistan Milli Üniversitesi (TMÜ) olarak yeniden değiştirildi.
Tacikistan Milli Üniversitesi, kurulduğu günden bu yana ülke ekonomisini kalkındırmak için yüksek nitelikli uzmanlar yetiştirmeye çalıştı. Eğitim öğretim imkânlarını geliştirdiği gibi bilimsel araştırmalara da öncülük etti. Üniversite, Tacik Dil ve Edebiyatı Enstitüsü, Rus Dili ve Edebiyatı Enstitüsü, Tacik Teknoloji Enstitüsü gibi yüksek eğitim kurumlarının oluşturulmasına ve geliştirilmesine de katkıda bulundu. Tacikistan'da bağımsızlıktan sonra kurulan diğer üniversitelere tecrübesini aktardı ve kadro desteği sağladı.
Tacikistan Milli Üniversitesi 19.000'den fazla öğrenciye eğitim vermektedir. Günümüzde on yedi fakültesi bulunan üniversitenin akademik kadrosu 1300 öğretim üyesinden oluşmaktadır.
Üniversite son yıllarda daha çok Türkmenistan, Afganistan, Özbekistan ve Kazakistan'dan gelen öğrencilere eğitim hizmeti vermektedir. Ülkenin ulusal ekonomisi için, üniversitenin çeşitli bölümlerindeki otuz beş uzmanlık alanında, lisansüstü seviyede uzmanlar yetiştirilmektedir.
Dış ilişkiler bakımından da tanınan ve itibar gören bir üniversite olan Tacikistan Milli Üniversitesi Orta Asya üniversiteleri dahil olmak üzere başka kıtalardan birçok üniversite ve araştırma enstitüleri ile yakın ilişkilere sahiptir.
Tacikistan'ın en önemli üniversitesi durumundaki Tacikistan Milli Üniversitesi hem Tacik vatandaşları hem de yabancı öğrenci ve akademisyenler için cazibesini her geçen gün arttırarak sürdürmektedir.