IV. Mehmed’in annesi Hatice Turhan Vâlide Sultan, 1074 (1663) yılında tamamlattığı Yenicami Külliyesi’nde bulunan cami içine koydurduğu dolaplarda bir kütüphane teşkil etmiş, bu külliyeyle ilgili olarak düzenlettiği iki vakfiyede (VGMA, nr. 744, s. 23-43, 112-135) kütüphanenin çalışma düzenini belirlemiştir. 1062 (1652) tarihli bir belgeden anlaşıldığına göre kütüphaneye konulacak kitaplar külliyenin tamamlanışından on yıl kadar önce saraydan gönderilmiştir (“Fermân-ı hümâyun ile devletlü vâlide sultan hazretlerinin câmi-i şeriflerine verilen kitaplardır ki zikrolunur” [TSMA, nr. D. 4155, s. 10b-13a]). Kütüphanede günlük 15 akçe ile bir hâfız-ı kütübün dışında bir kâtib-i kütüb, bir de mücellit görevlendirilmişti. Vakfiyede hâfız-ı kütübün ancak rehin karşılığı ödünç kitap vermesi, kütüphanede düzenli şekilde bulunması ve kitapları koruması istenmiştir. 1073 (1663) tarihli vakfiyeye göre ise kâtib-i kütüb, değerinin iki katı miktarında bir rehin aldıktan sonra ödünç verdiği kitaplarla ilgili makbuzları saklayacak ve kitap adlarını deftere kaydedecektir. 1076 (1666) tarihli vakfiyede Turhan Vâlide Sultan kâtib-i kütübün görevlerine yenilerini eklemiştir: Ödünç verilen kitabın hangi ilimden olduğunu tesbit ederek adını yazacak, sayfa ve formalarını sayacaktır. Ayrıca hâfız-ı kütüble istişare edip ödünç kitap isteyen kişinin durumu hakkında araştırma yaparak bilgi edinecektir.
Kütüphanenin belirli zamanlarda evkaf müfettişi tarafından yapılacak sayımlarında mütevelli, hâfız-ı kütüb ve kâtib-i kütüb hazır bulunacak, ödünç verilen kitapların karşılığında alınan rehinler kontrol edilerek kütüphanede mevcut kitapların yeni bir katalogu hazırlanacaktır. Bu sayımlar sonunda hazırlanan kataloglardan bazıları günümüze ulaşmıştır. Bunlardan biri hâfız-ı kütüb Mustafa Efendi, Medine kadılığına tayin edilince 1123 Rebîülâhirinde (Mayıs 1711) düzenlenmiş ve kaybolan kitapların nasıl kaybolduğu belirtilmiştir (TİEM, nr. 2218). Kütüphane XX. yüzyılın başlarına kadar cami içinde hizmet vermeye devam etmiş, Evkaf ve Maarif nezâretlerinin çeşitli yerlerdeki küçük koleksiyonları bir yerde toplama yönünde yaptığı çalışmalar sırasında 1914’te Sultanselim’de tesis edilen kütüphaneye, 1918’de de Süleymaniye Kütüphanesi’ne nakledilmiştir. Bugün koleksiyonda 338 yazma ve bir basma eser bulunmaktadır (Dener, s. 51). Kütüphanenin II. Abdülhamid döneminde bastırılmış bir katalogu mevcuttur (İstanbul 1300).