İstanbul'da doğdu. Babası topçu albayı Mehmed Reşad Bey, annesi Şükriye Hanım'dır. İlk ve orta öğrenimini sırasıyla Edirne Dârülirfan Özel Okulu, Fatih Askerî Rüştiyesi, Robert Koleji, Bursa ve İstanbul Öğretmen okullarında tamamladı. 1917'de İstanbul Öğretmen Okulu'ndan mezun oldu. 1919-1923 yılları arasında İstanbul'da Büyük Reşid Paşa Mektebi, Mirgün Erkek İbtidâîsi ve Ortaköy Dârüleytâmı'nda öğretmenlik, Bursa Hoca Alizâde Mektebi'nde ve Çelebi Sultan Kız Okulu'nda öğretmenlik ve müdürlük yaptı. 1923'te atandığı Ankara'da 1926'ya kadar Millî Eğitim Bakanlığı Ortaöğretim Genel Müdürlüğü'nde mümeyyizlik, Ankara İmam-Hatip Okulu'nda ve Ankara Musiki Muallim Mektebi'nde müdür muavinliği görevlerinde bulundu. 1926'da getirildiği Millî Eğitim Bakanlığı Neşriyat müdürlüğü görevini 1941'e kadar sürdürdü. Bu süre içinde Ankara Muallim Mektebi, Ankara Erkek Ortaokulu ve Ankara Gazi Lisesi'nde tarih ve coğrafya öğretmenliği yaptı. Ayrıca 1927-1928'de İlk Tedrisat Dairesi'nde Halk Terbiyesi Şubesi müdürlüğü ve 1939'da vekâleten Kütüphaneler müdürlüğü görevlerinde bulundu.
Unat söz konusu görevlere devam ederken, 1936'da kurulan Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi'nin ilk öğrencileri arasında yer aldı ve 1940'ta bu fakültenin Tarih Bölümü'nden mezun oldu. 1941-1946 yılları arasında Millî Eğitim Bakanlığı Talim ve Terbiye Kurulu'nda üye, 1946-1948 yılları arasında yükseköğretim genel müdürü olarak görev yaptı. 1948'den 1957'ye kadar Gazi Eğitim Enstitüsü'nde tarih ve coğrafya derslerinin yanı sıra "Türkiye Millî Eğitim teşkilatı ve tarihi" derslerini okuttu. Türk Dil Kurumu, Türk Tarih Kurumu, Türk Coğrafya Kurumu ve UNESCO Türkiye Millî Komisyonu üyesi oldu, bu önemli kurumların faaliyetlerine bizzat iştirak etti. Balkan Memleketleri Kültür Araştırmaları Konseyi'nde asbaşkan ve UNESCO Türkiye Millî Komisyonu'nda yönetim kurulu başkan vekili olarak da görev yaptı, 2 Aralık 1957'de emekliye ayrıldıktan sonra 1960'lara kadar Gazi Eğitim Enstitüsü'ndeki derslerine devam eden Unat, 8 Nisan 1964'te kalp krizinden Ankara'da vefat etti.
Çalışkan ve titiz bir kişiliğe sahip olan Unat, bürokratik görevleri arasında ilmî çalışmalarını da verimli bir şekilde sürdürmüştür. Eserleri; ders kitapları, atlaslar, haritalar, derleme ve çeviriler, ansiklopedi maddeleri ve süreli yayınlardaki tebliğlerinden oluşur. İlk eseri olan Maarif Düsturu'nda (1927) görevi sırasında inceleme fırsatı bulduğu millî eğitime ilişkin sayısal veriler, kanun, tüzük, yönetmelik ve genelgeler, öğretim programları ile diğer belge ve dokümanlar yer alır. İkinci eseri İsmail Hakkı Tonguç ile birlikte yayınladığı Muallim Almanağı'dır (1928) (bk. Tonguç, İsmail Hakkı). Maarif salnamesi niteliğindeki bu eserde, bir öğretmenin meslekî gelişimine katkı sağlayabilecek bilgilere yer verilmiştir. Kitapta öğretmenin kişisel bilgilerini not edebileceği şablonlar, 1928-1929 ders yılında eylülden ağustosa kadar bir takvim, 1801'den 1980'e hangi tarihin hangi güne denk geldiğini bulmaya yarayan bir cetvel, kutlanacak millî günler, bilim ve eğitim alanında önemli hizmetleri olan şahsiyetler, bir ilk mektep öğretmeninin okuması gereken temel kitap ve dergiler, devletin bakanlıklara ve millî eğitime ayırdığı bütçe bilgileri, millî eğitimin teşkilat yapısı vb. bilgiler de yer almıştır. Yine Unat ve Tonguç 1929-1930 dönemine ait benzer içerikteki belgeleri Muallim Yıllığı adı altında yayımlamışlardır.
Faik Reşit Unat, tarih ve coğrafya derslerinin okullarda birlikte okutulması konusunda öncü bir eğitimcidir. Tarih öğretiminde coğrafya ve harita bilgisinin önemini ilk fark edenlerdendir. Tarih derslerinde yer alan konuların mümkün olduğu kadar öğrencilerin coğrafya bilgileri ile paralel olarak ilerletilmesini önermektedir. V. Millî Eğitim Şûrası'nda (1953) çağdaş ülkelerdeki gelişmeleri de inceleyerek tarih, coğrafya ve yurttaşlık bilgisi derslerinin sosyal bilgiler adı altında toplanabileceğini ileri sürmüştür. Özellikle tarih ve coğrafya dersleri için hazırladığı ders kitapları çok sayıda baskı yapmış ve uzun yıllar Millî Eğitim okullarında okutulmuştur. Bu ders kitapları: İlkokul üçüncü sınıflar için Resimli Coğrafya Defteri (1936), ilkokul dördüncü sınıflar için Tarih (1945) ve ilkokul beşinci sınıflar için Tarih (1946; son iki kitap Kamil Su ile birlikte), Coğrafya İş Atlası (1939; Hamit Sadi Selen'le beraber), ortaokul birinci sınıf Tarih (1940), ortaokul birinci sınıf Tarih (1954), ortaokul ikinci sınıf Tarih (1951), ortaokul üçüncü sınıf Tarih (1951; bu üç kitap Kamil Su ile birlikte).
Unat, Viyana Coğrafya Enstitüsü'nün haritalarından yararlanarak hazırladığı atlas ve haritalarla da eğitime çok önemli katkılarda bulunmuştur. Bunlar: İlk Mektep Atlası (1930), Tarih Atlası (1952; bu eserin genişletilmiş baskısı 1960 yılında yayımlanmıştır), 1/10.000.000 ölçekli Güney Amerika Fiziki ve Siyasi Haritası (1954), Kuzey Amerika Fiziki ve Siyasi Haritası (1954), Asya Fiziki ve Siyasi Haritası (1954), Okyanusya Fiziki ve Siyasi Haritası (1954) ve Afrika Fiziki ve Siyasi Haritası (1962), 1/9.000.000 ölçekli Asya Fiziki Haritası (1954), 1/5.000.000 ölçekli Avrupa Fiziki Haritası, 1/32.000.000 ölçekli Dünya Fiziki ve Siyasi Haritası, 1/6.000.000 ölçekli Osmanlı İmparatorluğunun Büyümesi (1299-1699) Haritası (1962), 1/1.500.000 ölçekli Türkiye İller ve Yollar Haritası (1953) ve 1/500.000 ölçekli Türkiye Fiziki Haritası'dır. Özellikle Tarih Atlası uzun yıllar okullarda önemli bir kaynak eser olarak kullanılmaya devam etmiştir.
Faik Reşit'in 1940'ta yayımladığı ve miladi 2020 yılına kadar getirdiği Hicrî Tarihleri Milâdî Tarihe Çevirme Kılavuzu adlı eser, tarihçilerin başucu eserlerinden biri olmuştur. Unat'ın Osmanlı tarihine dair de Kitâb-ı Cihannümâ-Neşrî Tarihi I-II, Abdi Tarihi, İkinci Meşrutiyetin İlânı ve Otuzbir Mart Hâdisesi, Ali Cevat Bey'in Fezlekesi ve Osmanlı Sefirleri ve Sefaretnameleri gibi önemli eserleri de vardır. Unat ve Mehmet Altay Köymen tarafından iki cilt halinde (1949, 1957) neşredilen Mehmed Neşrî'nin Kitâb-ı Cihannümâ adlı eseri ilk tenkitli tarih olmasından dolayı önemlidir. Abdi Tarihi, Patrona Halil İsyanı hakkında dönemin canlı şahitlerinden birinin yazdığı eser olup, bu eserin Süleymaniye Kütüphanesi'nde kayıtlı nüshası 1943'te Unat tarafından neşredilmiştir. 1908 ihtilali ve ardından yaşananların canlı şahitlerinden II. Abdülhamid'in son mâbeyin başkâtibi Ali Cevat'ın fezlekesini İkinci Meşrutiyetin İlânı ve Otuzbir Mart Hâdisesi, Ali Cevat Bey'in Fezlekesi'ni adıyla 1960'ta yayıma hazırlamıştır. Uzun yıllar üzerinde çalıştığı ama tamamlayamadığı Osmanlı Sefirleri ve Sefâretnâmeleri adlı eser vefatından sonra arkadaşı Bekir Sıtkı Baykal tarafından 1968'de yayımlanmış olup eserde Osmanlı sefaretnameleri aracılığı ile dönemin tarihî coğrafyası hakkında ayrıntılı bilgiler verilmiştir.
Türk eğitim tarihi açısından en önemli eseri Türkiye Eğitim Sisteminin Gelişmesine Tarihi Bir Bakış, 1964 yılında vefatından birkaç ay sonra oğlu İlhan Unat tarafından yayımlanmıştır. Faik Reşit'in olgunluk döneminde ve yıllarca biriktirdiği belgelerden yararlanarak hazırladığı bu eser akademik Türk eğitim tarihi yazıcılığının ilk örneği sayılabilir (bk. Türkiye Eğitim Sisteminin Gelişmesine Tarihi Bir Bakış).
Unat'ın, bireysel ve ortaklaşa tercüme hizmetleri de önemlidir. 1960'ta E.Bruley ve E. H. Dance'ın Bir Avrupa Tarihi adlı eserini çevirmiştir. Şarkiyatçı J. Sauvaget'in İslam Dünyasının Kısa Kronolojisi de Unat ve Suut Kemal Yetkin'in tercümesiyle 1951'de yayımlanmıştır.
Faik Reşit Unat, erken Cumhuriyet döneminin önemli biyografi yazarlarından biridir. Mustafa Kemal Atatürk'le ilgili derleme ve bir Atatürk Bibliyografyası oluşturmaya çalışmıştır. Selim Nüzhet Gerçek'in Türkiye Bibliyografyası'nı düzenli bir şekilde çıkarmasına katkı sağlamıştır. İlk önce MEB İslâm Ansiklopedisi'nde yayımlanan daha sonra birçok dile çevrilen Atatürk biyografisinin hazırlanmasında Salih Omurtak, Hasan Âli Yücel, İhsan Sungu, Enver Ziya Karal, Enver Sökmen ve Uluğ İğdemir ile beraber görev alanlardan biri de Faik Reşit Unat'tır. Bu biyografi daha sonra hazırlanan Atatürk biyografileri için de temel kaynak olmuştur. Unat'ın Atatürk ve İsmet İnönü üzerine de çok sayıda makalesi vardır.
Cumhuriyet dönemi tarih yazıcılığında önemli isimlerden biri olan Unat'ın yeni nesillerin tarih ve coğrafya algısında etkisinin olduğu söylenebilir. Türk millî eğitimine yaptığı katkılar sebebiyle İstanbul Kadıköy ilçesi, Göztepe semtinde bir ortaokula ismi verilmiştir. Eserleri, hizmetleri ve tarih ve eğitim dünyasına etkileri üzerine bugüne kadar kapsamlı bir akademik araştırmanın yapılmadığı görülmektedir. Hakkında vefatından sonra yakın arkadaşı kütüphaneci Muzaffer Gökman "Faik Reşit Unat (1899-1964) ve Bibliyografyası" başlıklı bir yazı yayımlamıştır.