Bugün Bulgaristan sınırları içinde bulunan Vidin’de doğdu. Bağdatlı İsmâil Paşa babasının adını Abdullah olarak zikreder (Hediyyetü’l-ʿârifîn, II, 458). Muhammed Zâhid Kevserî ise kendi hocaları İspirli İbrâhim Efendi ile Gümülcineli Ahmed Âsım Efendi hakkında bilgi verirken Vidinli Mustafa Efendi’yi ilkinin talebesi ve ikincinin hocası Karinâbâdî Abdurrahman Efendi’nin hocası olarak anar, babasının adını da Ömer diye kaydeder (et-Taḥrîrü’l-vecîz, s. 41, 46, 63). Mustafa Efendi temel dinî eğitimini memleketinde aldıktan sonra İstanbul’a gitti ve yüksek tahsiline İstanbul’daki Fâtih Camii Medresesi’nde devam etti. Ahıskalı Ali Fikri Efendi’nin talebesi olan İspirli İbrâhim Efendi’nin ders halkasına katıldı. Ali Fikri Efendi, kıyafet hususunda yapılması istenen Batı tarzı yenilikleri eleştirdiğinden Filibe’deki Şehâbeddin Medresesi’ne müderris olarak sürülünce İspirli İbrâhim Efendi’nin talebeleri de sürgün edilmiş bir hocanın talebesinden ders okumakla geleceklerinin tehlikeye düşeceği endişesiyle ders halkasından ayrıldılar. Bu arada Vidinli Mustafa Efendi ile Giritli Süleyman Efendi ders halkasından ayrılmak için hocalarından izin istedilerse de onun tavsiyesiyle öğrenimlerine devam ettiler ve icâzet alıp Fâtih Camii’nde müderris oldular. Sabahları ve ikindiden sonra, ayrıca tatil günlerinde ders veren, aynı zamanda icâzet verdiği yüzlerce mezunla zamanının en çok talebe yetiştiren hocası olan Mustafa Efendi talebe arasında Vidinli Hoca diye tanındı. Çeşitli ülke ve bölgelerde onun talebeleri müftü, müderris veya kadı olarak görev yaptılar. Son dönem Osmanlı ulemâsından Ahmed Cevdet Paşa, Şeyhülislâm Amasyalı Kara Halil Efendi, Şeyhülislâm Hasan Fehmi Efendi, Hoca Tahsin Efendi, Sadrazam Şirvânîzâde Mehmed Rüşdü Paşa, Eski Zağralı Şerif Efendi, Uşaklı Nasuh Efendi, Karinâbâdî Abdurrahman Efendi, İbrâhim Sıtkı Efendi, Şâkir Efendi ve Amasyalı Hoca Abdülkerim Efendi gibi şahsiyetler ondan ders aldı. Derslerinde talebeye karşı tâvizsiz tutumuyla bilinse de onlarla yaptığı ilmî tartışmalarda hakkaniyete uygun davranır, haklı bulduğu talebesinin hakkını teslim ederdi. Ahmed Cevdet Paşa’dan mantık ilmine dair Burhân-ı Gelenbevî adlı eseri arkadaşlarına okutmasını istemesinde olduğu gibi bazı talebelerini daha icâzet almadan ders vermeye teşvik ederdi. 1829-1840 yıllarında huzur derslerinde muhatap, 1840-1855 arasında mukarrir sıfatıyla bulundu. İlmî rütbesi Aralık 1844’te hâmise-i Süleymâniye’ye yükseltilen Vidinli 6 Mayıs 1855 tarihinde İstanbul’da vefat etti ve Edirnekapı dışında İbrâhim Halebî’nin yakınına defnedildi. Talebesi Hoca Tahsin Efendi’nin yazdığı ayak taşındaki tarih kitâbesi şöyledir: “Bekāya göçtü ol bahr-i hakāyık / Vidinli Hâce nihrîr-i müdekkik / Yazıldı eşk-i Tahsîn ile târîh / Vefat etti Vidinli muhakkik.”
Eserleri. 1. Taḳrîru Mirʾât. Molla Hüsrev’in Mirʾâtü’l-uṣûl’üne yazılmış bir hâşiyedir (İstanbul 1297, 1311). Vidinli’nin Mirʾât’ı okuttuğu sırada talebelerin tuttuğu notlardan meydana gelen kitap Mirʾât’ın en hacimli hâşiyelerinden biridir. Müellifin belâgat ve nahiv tahlillerine geniş yer verdiği hâşiyede Pezdevî’nin Kenzü’l-vüṣûl, Sadrüşşerîa’nın Tenḳīḥu’l-uṣûl ve Teftâzânî’nin et-Telvîḥ adlı eserlerinden nakillerde bulunmuş, birçok yerde Mevlânâ Mehmed İzmîrî’nin Mirʾâtü’l-uṣûl hâşiyesinde Molla Hüsrev’e yaptığı itirazları aktarmıştır.
2. Risâletün imtiḥâniyyetün Ḥamîdiyye. Hatîb el-Kazvînî’nin Telḫîṣü’l-Miftâḥ adlı eserinde “lâm-ı ta‘rif”in mânasıyla ilgili bir sözü üzerine Hamidiye Medresesi imtihanı için 1854 yılında soru-cevap şeklinde yazılmıştır (baskı yeri ve tarihi yok, çeşitli risâlelerin yer aldığı bir mecmua içinde, s. 55-60).