Muhammed Yâkub Beg 1820 veya 1826-1827 yılında Taşkent yakınlarındaki Pişkent’te doğdu. Babası kadı Pîr Muhammed Mirza’nın (Muhammed Latîf) Timur soyundan geldiği iddia edilirse de bu doğru değildir. Annesi devrin nüfuzlu kişilerinden Şeyh Nizâmeddin’in kız kardeşidir. Eniştesi olan Taşkent Valisi Nur Muhammed’in yardımıyla Hokand Hanlığı ordusuna girdi. 1845’te Hokand Hanı Hudâyâr Han’ın dış ilişkiler memuru oldu. Aynı yıl kumandan (koşbegi) rütbesiyle Akmescid’in (Kızılorda) savunmasını üstlendi. 1853’te Rus Çarlığı’nın yirmi altı gün süren Akmescid kuşatmasına büyük bir başarıyla karşı koyduysa da Akmescid’in Ruslar’ın eline geçmesini engelleyemedi ve ardından Taşkent’e döndü. Ertesi yıl Çimkent’i savunurken tekrar Taşkent’e yönelmeye mecbur kaldı. Burada Hokand Hanlığı’nın fiilen hâkimi olan başkumandan Âlim Kul’a katıldı. Kâşgar Hanı Gasıp Sıddık Beg, Kâşgar ve Yenihisar kalelerindeki Çin birliğiyle başa çıkamayacağını anlayınca Hokand Hanlığı’ndan yardım istedi. Bunun üzerine Âlim Kul, Yâkub Beg’i 1000 kişilik bir kuvvetin başında Kâşgar’a gönderdi (Ocak 1865). Kâşgar’ı kuşatan Çinliler’e karşı koyan Yâkub Beg, Kâşgar halkının takdirini kazandı. Çarpışmalar sırasında öldürülen Gasıp Sıddık Beg’in yerine Hoca Büzürg Han Töre han ilân edildi. Büzürg Han Töre hemen Hokand hâkimine tâbiiyet arzedip Yâkub Beg’i kumandanlığa getirdi ve kendisine büyük yetkiler verdi. Büzürg Han Töre’nin yetersizliğinden faydalanıp askerî ve mülkî kadrolara hâkim olan Yâkub Beg, Büzürg Han’ı devre dışı bırakarak Yenihisar’ı, Kâşgar Yenişehiri’ni, Yarkent ve Hoten’i ele geçirdi (1866). Aksu, Kuça ve Karaşehir’i de alıp hâkimiyet alanını genişletti ve Büzürg Han Töre’nin iktidarına son vererek kendisini Atalık Gazi Ba-Devlet (mesut hükümdar) unvanıyla Kâşgar Hanlığı’nın yeni hâkimi ilân etti (1867). Doğu Türkistan’daki müstakil hanlıkları kendi yönetimi altında birleştirmek isteyen Yâkub Beg, daha sonra Çinliler ve Dunganlar’la (Tungan) mücadeleye girişti, onları Urumçi’den uzaklaştırdı (1870). Ertesi yıl Ruslar tarafından işgal edilen Kulca (İli) dışında bütün Doğu Türkistan’ı egemenliği altına aldı (Baymirza Hayit, s. 146; EI2 [İng.], V, 364).
Yâkub Beg konumunu sağlamlaştırmak için Osmanlı Devleti, İngiltere ve Rusya ile diplomatik ilişkiler kurdu. 1872’de Sultan Abdülaziz’e yeğeni Seyyid Yâkub Han Kâşgarî başkanlığında bir elçilik heyeti gönderip yardım ve himaye talebinde bulundu. Kendisine biat ettiğini bildirerek Kâşgar Hanlığı’nın Osmanlı toprağı gibi kabul edilmesini istedi ve askerî malzeme ile eğitim için uzman subaylar talep etti. Bunun üzerine Sultan Abdülaziz’in emriyle bir askerî heyetle çeşitli malzemeler Hindistan üzerinden Doğu Türkistan’a gönderildi. Sultan, Yâkub Beg’e ayrıca mektup, mücevherli bir saat, murassa‘ hil‘at gibi hediyeler yolladı. Burada yapılan törenle Yâkub Beg’e Osmanlı Devleti tarafından “Emîr” unvanı verildi. Yâkub Beg hutbeyi Sultan Abdülaziz adına okuttu, Osmanlı bayrağını göndere çektirdi, bastırdığı altın ve gümüş paralara Osmanlı padişahının adını yazdırdı.
Yâkub Beg, Rus Çarlığı ile 8 Haziran 1872’de bir ticaret antlaşması, Hindistan’da bulunan İngiliz koloni idaresiyle de 2 Şubat 1874’te bir antlaşma imzaladı. Böylece kurduğu devlet İngiltere, Rusya ve Osmanlı Devleti tarafından resmen tanınmış oluyordu. II. Abdülhamid’in tahta çıkması üzerine Yâkub Beg, Seyyid Yâkub Han’ı bir defa daha İstanbul’a gönderip yine bazı taleplerde bulundu. Öte yandan Yâkub Beg’in içte ve dışta giderek kuvvetlenmesi doğu komşusu Çin’i bazı tedbirler almaya sevketti. Çin’in Mançu hükümetinin 1877 baharında General Zuo Zontang ve General Liu Cintang kumandasında yolladığı ordu Kumul ve Urumçi’yi işgal edip Kâşgar’a doğru ilerlemeye başlayınca Yâkub Beg savunmaya geçti. Aksu etrafındaki Davançıng Geçidi civarında şiddetli çarpışmalar meydana geldi. Ancak Yâkub Beg sayıca üstün düşman karşısında geri çekilmek zorunda kaldı ve General Tso Tsungt’ang’a bir elçilik heyeti gönderip antlaşma yapma isteğini bildirdi. Çinliler 16 Mayıs 1877’de Turfan’ı da ele geçirdiler. Yâkub Beg teklifinin kabul edilip edilmediğini öğrenemeden vefat etti (29 Mayıs 1877). Bazı kaynaklarda bir suikasta kurban gittiği kaydedilir. Rivayete göre Hoten Valisi Niyaz Beg’le yardımcısı Aşur Beg, Yâkub Beg’i yaverine çok miktarda para vererek zehirletmiştir. Yâkub Beg’in ölümü üzerine Çin istilâsı bütün Türkistan’da devam etmiştir. Oğulları arasındaki taht kavgaları ve beylerin kendilerini hükümdar ilân etmeleriyle başlayan iç savaş Kâşgar Hanlığı’nın çöküşüne zemin hazırlamış, kısa süren bir iç çatışmanın ardından duruma hâkim olan oğlu Beg Kulı Beg ertesi yıl Hokand’a kaçmıştır. Çin orduları 16 Aralık 1877’de Kâşgar’ı, 16 Mart 1878’de Doğu Türkistan’ın tamamını işgal etmiş (Saray, s. 207), esir alınan Türk subayları İngilizler’e teslim edilmiştir. Böylece Yâkub Beg’in Doğu Türkistan’da kurduğu Kâşgar merkezli devlet sona ermiştir.
Çağdaşlarına göre Yâkub Beg, Orta Asya’da ilk defa yarı modern bir devlet kurmuştur. Yine çağdaş kaynaklara göre kendisi Asya’daki diğer hükümdarlardan çok farklı ve üstün özelliklere sahipti. Askerî alanlardaki başarısı, teşkilâtçılığı, kahramanlığı, sade bir hayat sürmesi ve kuvvetli iradesiyle öne çıkmıştır. Ancak bölgenin siyasî, dinî, ekonomik ve sosyal şartları kurduğu devletin yaşamasına imkân vermemiştir. Bazıları da onu İran’da Avşarlılar hânedanının kurucusu ve ilk hükümdarı Nâdir Şah’la karşılaştırmakta ve modern yönetimini takdir etmektedir. Yâkub Beg, XIX. yüzyılda Orta Asya müslümanları arasında yeni ortaya çıkan siyasal ve modernist uyanış hareketlerinin öncüsü sayılabilir. Öte yandan bazı araştırmacılar, Yâkub Beg’i Orta Asya’daki siyasî karışıklıklardan faydalanıp iktidarı ele geçirmek ve müslüman kitlelerin desteğini sağlayıp bir hânedan tesis etmek isteyen bir maceracı olarak tanıtır.