Türkiye'de yükseköğretim kurum sayısının artmasına paralel olarak bu kurumlar arasında koordinasyon (eşgüdüm) ihtiyacı da artmıştır. Birçok gelişmiş ülke II. Dünya Savaşı sonrası dönemde yükseköğretimi hızla genişletirken, Türkiye 1950'li yıllara sadece üç üniversite ile, 1970'li yıllara ise sekiz üniversite ile başlamıştır.
Nitekim 1933 yılında çıkarılan 2252 sayılı üniversite kanunu ve 1946 yılında çıkarılan üniversiteler kanunu, bir veya az sayıdaki üniversite için öngörülmüştür. Bu dönemlerde, yükseköğretimde koordinasyon ihtiyacı pek hissedilmemiş ve ağırlıklı olarak Millî Eğitim Bakanlığı eliyle yürütülmüştür. 1973 yılına gelindiğinde bir planlama dahilinde üniversitelerin yurt sathına yayılması ve üniversiteler arasında koordinasyon ihtiyacı ön plana çıkmıştır. 1973 yılında çıkarılan 1750 sayılı Üniversiteler Kanunu ile yükseköğretime yön vermek amacıyla gerekli inceleme, araştırma ve değerlendirmeyi yapmak ve yükseköğretim kurumları arasında eşgüdümü sağlamak amacıyla bir Yükseköğretim Kurulu oluşturulmuş ve böylece Türkiye'de ilk defa bir üst kuruluş öngörülmüştür. Ancak Anayasa Mahkemesi, 1975 yılında söz konusu yasa maddesini iptal etmiştir. Oluşturulan kurulda hükümet kanadından gelen üye sayısının üniversitelerden gelen üye sayısından fazla olması ve bu durumun anayasada ifade edilen üniversite özerkliğine aykırı bulunması iptal gerekçesi olarak sunulmuştur.
1980 yılı öncesinde üniversitelerin kendilerinden beklenen hizmetleri üretmesi açısından ciddi çıkmazları ve sorunları söz konusu olmuştur. Öncelikle, yükseköğretim kurumları arasında ülkenin meselelerine eğilme yönünde bir koordinasyon eksikliği varlığını hissettirmiştir. Ayrıca üniversitelerin kapasitelerini kullanamaması, öğretim üyesi dağılımında yaşanan dengesizlikler, öğrencilerin okul terk oranlarındaki fazlalık ve bunların sonucunda yaşanan mezuniyet oranlarındaki düşüklükler yükseköğretimde büyük bir planlama eksikliğinin bulunduğu şeklinde yorumlanmıştır. 1974-1981 yılları arasında üniversite sayısı dokuzdan on dokuza çıktığı halde, yükseköğretim kurumlarına alınan toplam öğrenci sayısı 49.542'den 41.574'e düşmüştür. Nihayetinde, 1981 yılına gelindiğinde yükseköğretim okullaşma oranı %5,9'da kalmıştır.
1980 askerî darbesinden yaklaşık bir yıl sonra askerî yönetim devam ederken 6 Kasım 1981 tarihinde 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu yürürlüğe girmiştir. Çıkarıldığı günden itibaren çokça eleştirilen bu yasada öngörülen Yükseköğretim Kurulu (YÖK), çıkarıldığı olağanüstü dönemin anayasasında da (1982 anayasası) yerini bulmuştur. Bundan dolayı hem 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nu hem de 1982 anayasasının ilgili maddeleri birlikte değerlendirilmelidir. 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile kurulan Yükseköğretim Kurulu şu şekilde tanımlanmış ve yetkilendirilmiştir:
Yükseköğretim Kurulu; bütün yükseköğretimi düzenleyen ve yükseköğretim kurumlarının faaliyetlerine yön veren, bu kanunla kendisine verilen görev ve yetkiler çerçevesinde özerkliğe ve kamu tüzel kişiliğine sahip, sürekli görev yapan bir kuruluştur. Yükseköğretim Kurulu'na; Yükseköğretim Denetleme Kurulu, Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi ile gerekli planlama, araştırma, geliştirme, değerlendirme, bütçe, yatırım ve koordinasyon faaliyetleri ile ilgili birimler bağlıdır.
Aynı yasada belirtilen Yükseköğretim Kurulu'nun üyeleri, devlet başkanı tarafından, tercihen rektörlük yapmış kişiler arasından seçilen sekiz, Bakanlar Kurulu'nca üniversiteler dışından, temayüz etmiş üst düzeydeki devlet hizmetlileri veya emeklileri arasından seçilen altı, Genelkurmay Başkanlığı'nca kendi bünyesinden seçilen bir, Millî Eğitim Bakanlığı'nca kendi bünyesinden seçilen iki üye ile, Üniversitelerarası Kurul'ca, kurul üyeleri dışından ve en az yirmi beş yıl öğretim üyeliği yapmış kişiler arasından seçilen sekiz öğretim üyesinden oluşur.
2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'ndan sonra 1982 yılında çıkarılan anayasada "Yükseköğretim Üst Kuruluşları" başlıklı madde Yükseköğretim Kurulu'na anayasal bir kimlik kazandırmış ve özerk kılmıştır.
Madde 131. Yükseköğretim kurumlarının öğretimini planlamak, düzenlemek, yönetmek, denetlemek, yükseköğretim kurumlarındaki eğitim öğretim ve bilimsel araştırma faaliyetlerini yönlendirmek, bu kurumların kanunda belirtilen amaç ve ilkeler doğrultusunda kurulmasını, geliştirilmesini ve üniversitelere tahsis edilen kaynakların etkili bir biçimde kullanılmasını sağlamak ve öğretim elemanlarının yetiştirilmesi için planlama yapmak maksadıyla Yükseköğretim Kurulu kurulur.
Yükseköğretim Kurulu, üniversiteler, Bakanlar Kurulu ve Genelkurmay Başkanlığı'nca seçilen ve sayıları, nitelikleri ve seçilme usulleri kanunla belirlenen adaylar arasından rektörlük ve öğretim üyeliğinde başarılı hizmet yapmış profesörlere öncelik vermek suretiyle cumhurbaşkanınca atanan üyeler ve cumhurbaşkanınca doğrudan doğruya seçilen üyelerden kurulur. Kurulun teşkilatı, görev, yetki, sorumluluğu ve çalışma esasları kanunla düzenlenir.
2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun Yükseköğretim Kurulu'nun üye yapısını düzenleyen maddesinde bugüne kadar birçok düzenleme yapılmıştır. Örneğin 2 Aralık 1987 tarihli 301 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nda bakanlık adına ilişkin şeklî bir değişiklik yapılmış ve yukarıdaki maddenin dört nolu fıkrasındaki, "Millî Eğitim Bakanlığı" tarafından seçilen iki üye, yerine "Millî Eğitim, Gençlik ve Spor Bakanlığı" tarafından iki üye seçilmesi öngörülmüştür. 1997 yılında Anayasa Mahkemesi, anayasanın Yükseköğretim Kurulu'na üye seçme yetkisini münhasıran üniversiteler, Bakanlar Kurulu ve Genelkurmay Başkanlığı'na tanıdığını belirterek ilgili fıkrayı iptal etmiştir (Karar sayısı 1997/48).
Yükseköğretim tarihine bakıldığında, yasal düzenlemelerdeki değişkenliğe rağmen, 1982 sayılı anayasanın Yükseköğretim Kurulu'na ilişkin maddesinde nispî/sınırlı değişiklik yapıldığı gözlemlenmiştir. 2004 yılında Avrupa Birliği müzakerelerinin yoğun devam ettiği nispeten daha liberal bir ortamda yapılan anayasa değişikliği ile yukarıda zikredilen 131. maddenin ikinci fıkrası değiştirilmiştir ve böylece Genelkurmay Başkanlığı'ndan seçilecek üye, Yükseköğretim Kurulu'nun üye yapısından çıkarılmıştır.
2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nda yapılan son önemli değişiklikler, yeni hükümet sistemine geçişle birlikte 2018 yılında çıkarılan uyum yasaları kapsamında yapılmıştır. 2018 yılı öncesindeki düzenlemeye göre, Yükseköğretim Kurulu'nun yirmi bir üyeli yapısında cumhurbaşkanı tarafından doğrudan yedi üye atanması, hükümet ve Üniversitelerarası Kurul tarafından da yedi üyenin önerilmesi ve cumhurbaşkanı tarafından atanması söz konusuydu. 2018 yılında çıkarılan 703 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Bakanlar Kurulu'nun yetkileri cumhurbaşkanına devredilmiştir. Böylece 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun Yükseköğretim Kurulu üyelerini düzenleyen ilgili maddesi, "Cumhurbaşkanı tarafından; rektörlük ve öğretim üyeliğinde başarılı hizmet yapmış profesörlere öncelik vermek suretiyle seçilen yedi, temayüz etmiş üst düzeydeki devlet görevlileri veya emeklileri arasından seçilen yedi" şeklini almıştır. 2018 yılı ile birlikte gelen yeni sistemle artık cumhurbaşkanının doğrudan on dört üye belirlemesi söz konusudur. Dolayısıyla Yükseköğretim Kurulu üyelerinin üçte ikisi doğrudan cumhurbaşkanı tarafından seçilmekte ve atanmaktadır. Geriye kalan yedi üye, Üniversitelerarası Kurul tarafından seçilmekte ve cumhurbaşkanı tarafından atanmaktadır. Her ne kadar 1981'den beri bütün Yükseköğretim Kurulu üyeleri cumhurbaşkanı tarafından atansa da 2018 yılında yapılan düzenleme ile birlikte cumhurbaşkanı tarafından doğrudan seçilip atanan üye sayısı arttırılmış ve böylece cumhurbaşkanının Yükseköğretim Kurulu üzerindeki belirleyiciliği daha da yükselmiştir.
Kuruluş döneminin şartları ve kimi Yükseköğretim Kurulu başkanlarının ideolojik uygulamaları sebebiyle Yükseköğretim Kurulu'na ilişkin objektif değerlendirmelerin yapıldığını söylemek zordur (Günay, 2014). Yükseköğretim Kurulu'nun bir askerî darbe ürünü olarak kurulmasını müteakip, en sık yapılan eleştiriler, üniversitelerin özerkliğinin kısıtlandığı ve "Yükseköğretim Kurulu gibi merkezî ara kuruluşların özerkliğe aykırı olduğu"dur (Doğramacı, 1992: 8-9). Doğramacı ve daha sonraki Yükseköğretim Kurulu başkanlarından Kemal Gürüz, merkezî ara kuruluşların güçlü yetkilere sahip olması ve rektörün atama yoluyla göreve gelmesinin üniversite özerkliğine aykırı bir durum olmadığını iddia etmişlerdir. Bu çerçevede, "yükseköğretimi planlayan Yükseköğretim kurullarına (YÖK'lere)" (YÖK, 1988: 40) İsveç, Fransa ve İsviçre gibi ülkelerde ihtiyaç duyulduğunu, Amerika Birleşik Devletleri'nde rektörlerin atamayla geldiğini, OECD'nin "Bağıl Özerklik Endeksi" çalışmasında rektörlerin atamasına ilişkin bir madde bulunmadığını ve yükseköğretimde merkezî idare heyetleri veya kurulların varlığını örnek göstermişlerdir (Doğramacı, 1992, 2007). Yine Doğramacı, "Anglo Sakson ve bazı diğer Batı ülkeleri üniversitelerinde olduğu gibi, rektör adaylarını cumhurbaşkanına önerme yetkisi"nin Yükseköğretim Kurulu'na verildiğini savunmuştur (YÖK, 1988: 50). Savunucularına göre, Yükseköğretim Kurulu bir tür ulusal mütevelli veya idare heyeti olarak kurulmuştur.
Yükseköğretim kurumları arasında koordinasyonu sağlamak üzere merkezî bir yapının veya bir ara/aracı kuruluşun varlığı birçok ülkede söz konudur. Yükseköğretim Kurulu, Amerika Birleşik Devletleri'ndeki örneklerdeki gibi bir "vatandaş yönetimi" değil de üst düzey devlet görevlileri ve profesörlerden oluşan bir "uzmanlar heyeti" olarak karşımıza çıkmaktadır; bu yapının kamuya hesap verme açısından sınırlılıkları söz konusudur. Yükseköğretim Kurulu'nun yeniden yapılandırılması ve bir planlama/koordinasyon birimine dönüştürülmesi hususunda hükümet programlarında, kalkınma planlarında, muhtelif raporlarda ve çalışmalarda önemli bir uzlaşı mevcuttur (Batırel vd., 2014; Çetinsaya, 2014; Küçükcan ve Gür, 2009; YÖK, 2007). Ancak yükseköğretimin spesifik konu başlıklarında ayrıntılara girildiğinde kimi üniversite mensupları, Yükseköğretim Kurulu'nun merkezî yetkilerini sürdürmesini veya arttırmasını talep edebilmektedirler (YÖK, 2007). Ancak Yükseköğretim Kurulu'nun değiştirme çabalarının bile "Yükseköğretim Kurulu lisanı ve değerleri" yani Yükseköğretim Kurulu paradigması içinde yapılmaya çalışılmakta olduğu da bir gerçektir (Ergüder, 2015, s. 504).