Cradle, protein mühendisliği için yapay zekâ destekli tasarım yazılımı ve onu sürekli doğrulayan bir ıslak laboratuvar altyapısını birleştiren teknoloji şirketidir. Platform, araştırmacıların deneysel verilerini kullanarak protein adayları üretmek ve çoklu hedefler üzerinde aynı anda iyileştirme yapmak üzere tasarlanmıştır. Şirket, Amsterdam’daki merkezinde yürüttüğü laboratuvar çalışmalarıyla modellerini düzenli olarak sahaya yakın koşullarda sınar ve yazılıma geri besleme sağlar.

Cradle, yalnızca hesaplamalı yaklaşımlarla sınırlı kalmayıp kuruluşundan beri Amsterdam’da kendi ıslak laboratuvarını işletir. Bu tercih, makine öğrenmesi modellerinin deneysel verilerle düzenli olarak A/B testlerine tabi tutulmasını ve her sürümde onlarca ölçüm ve özelliğe karşı performans doğrulaması yapılmasını mümkün kılar. Şirket, ifade düzeyi, stabilite ve çözünürlük gibi temel dizilim-özellik ilişkilerini kapsayan hedefli büyük veri kümeleri geliştirerek varsayılan modellerin genel performansını iyileştirmeyi amaçlar.

Cradle, laboratuvar iş akışlarını hızlandırmak ve veri kalitesini artırmak için kapsamlı otomasyon uygular. Tekrarlayan görevler robotik sistemlere devredilerek insan hatası azaltılır ve yineleme döngüleri kısaltılır; klasik aylara yayılan geri dönüş süreleri haftalar mertebesine indirilmiştir. İş akışlarında Formulatrix Mantis gibi nanolitre ölçekli hassas sıvı dağıtım sistemleri kullanılarak deneylerin miniaturizasyonu ve yüksek verimli taramalar desteklenir. Şirket, otomasyona ilişkin yöntem ve ilkeleri düzenli olarak blog yazıları ve kılavuzlarla paylaşır.

Platform

Cradle platformu, araştırmacıların kendi deney verilerini içe aktararak moleküler adaylar üretmesine ve aynı tur içinde birden fazla özelliği birlikte optimize etmesine imkân verir. Kullanıcı, etkinlik, bağlanma, stabilite, çözünürlük ve ifade gibi özellikleri hedef olarak tanımlayabilir; platform, milyonlarca hesaplamalı tasarım arasından laboratuvara gönderilecek plaka düzeyinde adayları seçer. Sistem, farklı turlardan gelen verileri birleştirerek deney koşullarındaki değişiklikleri ve olası parti etkilerini modellemeye çalışır; epistatik etkileşimleri yakalamak için ilk turdan itibaren çoklu mutasyon içeren varyantlar üretir. Gerek arayüz üzerinden basit varsayılanlarla gerekse API ile ayrıntılı kısıtlar tanımlanarak çalıştırılabilir; aktif bölge ya da kullanıcı tanımlı bölgeler için mutasyon kuralları belirtilebilir.

Uygulama Alanları

Platform, endüstriyel biyoteknoloji ve biyofarmasötik araştırma hatlarında protein mühendisliğini hızlandırmayı hedefler. Enzimlerde katalitik dönüşüm, heterolog ifade ve zorlu proses koşullarında dayanım; antikorlarda afinite olgunlaştırma, geliştirilebilirlik, immünojenisite ve liabilite motiflerinden kaçınma gibi hedefler desteklenir. Aşı antijenleri ve peptitler dâhil farklı biyolojik modalitelerde veri temelli iyileştirme akışları sunulur. Cradle, geçmiş verisi olmayan projelerin tek dizilimle başlatılmasını da mümkün kılar; mevcut NGS, FACS, ELISA ve kromatografi çıktıları gibi farklı formatlardaki verilerle çalışır.

Kurumlara özel modeller, yalnızca kurumun sağladığı deneysel verilerle eğitilir. Platform, SOC 2 uyumluluğu, tekil oturum açma desteği ve aktif izleme gibi uygulamalarla veri güvenliğini önceler. Özel geliştirilmiş kestirimcilerin raporlar içinde kullanılabildiği bir yapı ve tamamen yönetilen, ölçeklenebilir GPU altyapısı sunulur. Çıktılar raporlanırken adayların öngörülen performans puanları ve belirli mutasyonların üç boyutlu görünümleri incelenebilir; laboratuvar turları “round status” izlemesiyle takip edilir.

İşbirliği

Şirketin çözümleri, Novonesis, Corteva ve IFF gibi endüstriyel biyoteknoloji kuruluşları ile Novo Nordisk, argenx ve Johnson & Johnson gibi biyofarmasötik şirketlerde araştırma ekipleri tarafından kullanılmaktadır. Kamuya açık yarışma ve kıyaslamalarda yer alan çalışmalar arasında Adaptyv Bio protein tasarım yarışmasında raporlanan Cetuximab optimizasyonu ve EGFR bağlanma afinitesinde bildirilen artış gibi örnekler bulunur. Cradle, kıyaslama odaklı “Align to Innovate” ve tam otomatik üretken modellerle enzim mühendisliğini değerlendiren çalışmalar yayınlamıştır.

Organizasyon

Cradle; biyoloji, makine öğrenmesi, yazılım mühendisliği ve tasarım alanlarından uzmanların birlikte çalıştığı bir yapıdır. Kurucu ve ekip üyeleri, daha önce çeşitli teknoloji ve biyoteknoloji şirketlerinde ürün ve teknoloji geliştirme deneyimine sahiptir. Şirket, müşteri destek ekipleri ve bilimsel danışmanlarla kullanıcıların deney tasarımına ve platform kullanımına yönelik teknik rehberlik sağlar.